Frédéric Beigbeder naît dans une famille d'origine béarnaise. Sa mère, Christine de Chasteigner de La Rocheposay, est traductrice (elle traduit entre autres les romans de Barbara Cartland) et son père, Jean-Michel Beigbeder, est recruteur (« chasseur de têtes »). Son frère, Charles, est le fondateur de la société de courtage en ligne Selftrade, puis de la société Poweo. Leurs parents divorcent rapidement (vers 1970) et les deux enfants vivent entre deux maisons, essentiellement chez leur mère qui refait sa vie, en 1974, avec le baron Pierre de Soultrait.
En avril 1979, âgé alors de treize ans, Frédéric Beigbeder fait une apparition sur TF1, interviewé sur la science-fiction lors de l'émission Temps X des frères Igor et Grichka Bogdanoff qui fréquentent la maison paternelle et lui demandent de participer.
Il effectue sa scolarité aux lycées Montaigne et Louis-le-Grand à Paris. Diplômé de Sciences Po Paris (section service public), il achève ses études par un DESS en marketing - publicité au Celsa.
En 1990, âgé de vingt-cinq ans, il publie son premier roman, Mémoires d'un jeune homme dérangé. Il devient ensuite concepteur-rédacteur dans l'agence de publicité CLM/BBDO tout en étant critique littéraire ou chroniqueur nocturne dans les magazines Elle, Paris Match, Voici ou encore VSD. Il fait également partie de l'équipe des critiques littéraires de l'émission Le Masque et la Plume et de Rive droite / Rive gauche sur la chaîne câblée Paris Première.
En mai 1991, il épouse Diane de Mac Mahon avant de divorcer en mars 1996.
En 1994, paraît son deuxième roman, Vacances dans le coma puis, en 1997, L'amour dure trois ans, qui clôt la trilogie de Marc Marronnier. Suit un recueil de nouvelles chez Gallimard en 1999, Nouvelles sous ecstasy.
L'année suivante, Beigbeder est licencié pour faute grave de chez Young & Rubicam, peu après la parution de son roman satirique 99 francs (depuis réintitulé 14,99 EUR), roman qui épingle les travers de la publicité. Le roman, qui se vend à 380 000 exemplaires (ce qui en fait le roman contemporain français le plus vendu à l'étranger),
est adapté au cinéma par Jan Kounen, dans un film sorti le 26 septembre 2007. L'écrivain, qui a participé activement à l'écriture du film et au tournage, y joue également un petit rôle.
Entre-temps, Frédéric Beigbeder obtient sa propre émission littéraire, Des livres et moi, sur Paris Première. En 2002, durant la campagne présidentielle, il s'occupe de la campagne médiatique du candidat du
Parti communiste, Robert Hue. La même année, il accepte de co-animer avec Jonathan Lambert une émission quotidienne d'access prime-time sur Canal+, l'Hypershow, qui compte moins de 500 000 téléspectateurs en moyenne et dure moins de trois mois.
En 1999 naît sa fille Chloë de son union avec Delphine Vallette.
En janvier 2003, Flammarion propose à l'écrivain de passer « de l'autre côté du miroir » et de devenir éditeur. Le premier roman qu'il choisit s'appelle Une fièvre impossible à négocier de Lola Lafon, sur son engagement alter-mondialiste et son appartenance au groupe anarchiste des « Black Blocs ». En trois ans, il publie environ vingt-cinq livres pour le compte de Flammarion, avant de quitter ses fonctions en 2006. Durant cette même période il est le directeur littéraire de la revue littéraire Bordel.
Son roman Windows on the World, qui se déroule dans les tours jumelles du World Trade Center durant les attentats du 11 septembre 2001, reçoit le prix Interallié en 2003, et sa traduction anglaise (par Frank Wynne) est récompensée de l'Independent Foreign Fiction Award en 2005. Il publie en 2005 L'Égoïste romantique et, en 2007, Au secours pardon (suite des aventures d'Octave, le héros de 99 francs).
Entre septembre 2005 et mai 2007, il est chroniqueur dans Le Grand Journal, présenté par Michel Denisot.
Frédéric Beigbeder est également animateur de l'émission hebdomadaire de critique littéraire et cinématographique Le Cercle sur Canal+ Cinéma et est par ailleurs chroniqueur à Lire et intervieweur pour GQ.
Le 28 janvier 2008 à Paris, Frédéric Beigbeder et un ami, l'écrivain Simon Liberati, sont surpris, penchés sur le capot d'une voiture, par une patrouille de police peu après 3 heures du matin dans le VIIIe arrondissement de Paris. Dans les poches de l'écrivain, la police trouve deux sachets contenant l'équivalent de 2,6 grammes de cocaïne. Ils sont relachés le surlendemain. Cet épisode est à l'origine d'une polémique impliquant le procureur de la République de Paris : Jean-Claude Marin est, en effet, placé « en détention non provisoire » au chapitre 27 de Un roman français de Frédéric Beigbeder, paru le 18 août 2009 chez Grasset. Invoquant la peur des conséquences judiciaires, l'éditeur demande à l'écrivain de retirer certains passages du livre,.
Récompensé du prix Renaudot le 2 novembre 2009, Frédéric Beigbeder remercie ironiquement le magistrat Jean-Claude Marin dans son livre Un roman français, « pour l'avoir mis en garde à vue ».
Frédéric Beigbeder fonde le Prix de Flore en 1994 et préside son jury depuis lors. Ce prix a couronné notamment Michel Houellebecq, Virginie Despentes, Amélie Nothomb, Christine Angot et Guillaume Dustan. Il crée également le Prix Sade en 2001 avec Lionel Aracil, siège dans le jury du Prix Décembre, et depuis mars 2011 est membre du jury du Prix Renaudot.
Présent sur Facebook et MySpace (dans leurs débuts), il a décidé de s'en éloigner, jugeant très sévèrement les réseaux sociaux, et les considérant comme le miroir aux alouettes des vanités de certains.