Cyril Aubin fait ses débuts dès l'âge de 10 ans dans des feuilletons télévisés et des téléfilms, et au cinéma, notamment dans
Croque la vie, aux côtés de
Bernard Giraudeau, et dans
La Soupe aux choux en 1980.
À 16 ans, Cyril prend des cours de comédie, et joue dans des pièces de théâtre, comme L'Hurluberlu en 1988, aux côtés de
Michel Galabru, et Comment devenir une mère juive en 10 leçons en 1989, aux côtés de
Marthe Villalonga. Il tourne aussi dans de nombreux films, comme
La Neige et le Feu en 1991, où il joue aux côtés de
Vincent Perez. Il participe également à quelques séries télévisées, notamment Tribunal en 1991 et Les Coeurs brûlés en 1992 sur TF1.
En 1993, poussé par son père, Cyril passe un casting chez AB productions : il est retenu, d'abord pour jouer un petit rôle dans la sitcom Hélène et les garçons, puis également dans Le Miracle de l'amour.
En 1994, il tourne quelques épisodes dans Les Filles d'à côté où il apparaîtra dans 23 épisodes puis enchaînera dans Le Miel et les Abeilles, où il incarne le rôle de Johnny, de son vrai nom Georges Grandcoin du Toit, jeune rockeur déjanté et envahissant. Cyril endosse un rôle de composition et apparait coiffé d'une banane de rockeur. Le personnage, qui au départ était censé n'exister que pour quelques épisodes, fait tellement bonne impression aux scénaristes que Cyril est immédiatement rappelé pour reprendre définitivement le rôle de Johnny dans la série. Le personnage de Johnny, à la fois touchant et énervant, devient très vite populaire à la télévision et profite à la série. Cyril se fait connaître du grand public grâce à ce rôle. Au fil des épisodes, le rockeur devient peu à peu le véritable personnage central de la série, au détriment du rôle de Lola Garnier qu'incarne Malaury Nataf. Pendant un an et demi, le Johnny de Cyril Aubin cartonne sur TF1 aux côtés de Malaury Nataf, mais aussi, entre autres, de Guy Piérauld et de
Laurence Badie dans des rôles tout aussi débridés. La série s'arrête en 1995 sur la dernière image de Johnny quittant la maisonnée Garnier et s'en retournant vagabonder sur les routes de France, sa guitare sur le dos, éconduit une fois de plus par Lola...
En 1995, Cyril Aubin, ayant effectué des passages remarqués dans Les Filles d'à côté, enchaîne alors dans Les Nouvelles Filles d'à côté, où il continue d'incarner Benoît, jeune étudiant hébergé chez son oncle Marc Malloy, interprété par Thierry Redler. Il joue notamment aux côtés de
Karen Cheryl. Mais le personnage de Benoît, (trop) tranquille et sage, paraît bien mièvre à côté de celui de l'excentrique Johnny, et il disparaît dans la dernière saison de la série...
En 1996, Cyril fait aussi une apparition dans la série L'École des passions.
Dans les années suivantes, Cyril se consacre surtout au théâtre. Il joue notamment dans Le Barbier de Séville de Beaumarchais en 1999 et dans Dom Juan de Molière la même année.
En 2000, Cyril apparaît en soldat dans le téléfilm La Bicyclette bleue. La même année, il remonte sur les planches dans George Dandin de Molière, puis retrouve à nouveau Dom Juan (au Théâtre Aktéon).
En 2002, Cyril apparaît dans la série télévisée H, aux côtés de Jamel Debouze et Éric et Ramzy.
Cyril se tourne aussi vers le doublage français de films et de séries américaines, et prête sa voix pour des dessins animés.
Le 13 mai 2007, Cyril participe au jeu télévisé Le Maillon Faible pour l'association Sidarta, lors d'une spéciale Copains d'enfance Club Dorothée.
Le 25 février 2009, il est l'invité de Jean-Luc Delarue dans l'émission Toute une histoire sur France 2, où il revient sur la période de son succès dans Le Miel et les Abeilles.
Le 12 décembre 2009, un reportage lui est consacré dans l'émission Accès Privé sur M6, où il confirme qu'il réalise des doublages pour des séries.