Après être passé par le Conservatoire national de région de Marseille, il suit, pendant deux années, des études de philosophie à la faculté de Censier, à Paris. Admis en 1970 au Conservatoire national supérieur d'art dramatique, il y reçoit l'enseignement d'
Antoine Vitez et de Pierre Debauche.
À peine sorti du CNSAD, il fonde sa compagnie, le Théâtre du Miroir, avec laquelle il ouvre un cours d'art dramatique. C'est ainsi que dix ans après, en 1983, il revient au Conservatoire à la demande de
Jean-Pierre Miquel et en devient le plus jeune professeur. Il ne l'a plus quitté depuis et en a été nommé directeur en octobre 2007. Il est, par ailleurs, fréquemment sollicité pour diriger des master classes à l'étranger : Académie de Pékin, Princeton University, Monterey (Mexique), Budapest... et est invité à donner de nombreuses conférences sur la pédagogie théâtrale (New-York, Harvard, Oxford, Bogota...).
De nombreux acteurs ont été ses élèves, parmi lesquels :
Richard Anconina, Jérôme Anger,
Dominique Frot,
Sandrine Kiberlain,
Vincent Perez,
Philippe Torreton...
Daniel Mesguich compte à son actif plus d'une centaine de mises en scène pour le théâtre, une quinzaine pour l'opéra, en France et à l'étranger (Bruxelles, Prague, Moscou, Budapest, Leipzig, Séoul, Brazzaville, Bologne, Pékin...) et a été l'acteur d'une quarantaine de films pour le cinéma et la télévision.
On lui a confié de hautes responsabilités, dont la direction de deux équipements nationaux : le Théâtre Gérard Philipe à Saint-Denis et le Théâtre national de Lille, Tourcoing et de la région Nord/Pas-de-Calais. Il a occupé la Cour d'Honneur du Festival d'Avignon en 1981 et les plus grandes scènes françaises et étrangères (Comédie-Française, Théâtre de Chaillot, Opéra de Pékin...).
Daniel Mesguich est invité fréquemment comme lecteur dans de nombreuses manifestations littéraires (Marathon des mots à Toulouse, Banquets de Lagrasse... ) et se produit, tout aussi fréquemment, comme récitant aux côtés de personnalités musicales telles que Brigitte Engerer, Soo Park, Jean-Efflam Bavouzet, Hélène Grimaud ou sous la baguette de grands chefs tels que Kurt Masur, Jean-Claude Malgoire, Philippe Bender... Avec le pianiste Cyril Huvé, il a remis à l'honneur le genre perdu du mélodrame, ce dont témoigne un CD paru aux Éditions des Femmes. Il a écrit de nombreux articles théoriques sur le théâtre, fait de nombreuses traductions de pièces de théâtre et est aussi l'auteur, notamment, d'un essai, L'éternel éphémère (ed. Verdier).
Par décret du 30 octobre 2007, il a été nommé directeur du Conservatoire national supérieur d'art dramatique.
Une salle de Théâtre est baptisée à son nom aux Cours Florent.
Il est le père de William Mesguich.
En 2010, il fait partie du jury du prix Marguerite Duras.