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John Rhys-Davies fait ses premiers pas sur les planches à l'âge de 13 ans, alors qu'il incarne les personnages de Shakespeare pour les spectacles de son école, la Truro School de Cornouailles. Il suit ensuite des cours à l'University of East Anglia, où il fonde la Dramatic Society of UEA Norwich. Il choisit le célèbre Maddermarket Theatre (de Norwich) pour entamer sa carrière, où il enseigne pendant un an avant de préparer son diplôme de la Royal Academy of Dramatic Arts (RADA), qu'il obtient en 1969. Il joue ensuite dans plus d'une centaine de pièces dans des théâtres de répertoire britanniques, dont 26 de Shakespeare où il incarnera tous les personnages, d'Othello à Macbeth en passant par Claudius ou Falstaff. Il joue aussi plusieurs saisons à la Royal Shakespeare Company.
John Rhys-Davies débute au cinéma avec Contre une poignée de diamants de Don Siegel aux côtés de Michael Caine. C'est un rôle bref puisque son personnage meurt avant le générique de début, mais ce premier film est le début d'une longue série de petits personnages qui lui permettent de s'illustrer dans près de 80 films dont deux épisodes d'Indiana Jones, un James Bond, mais aussi Mystère à Buffalo d'Alan Rudolf, Sabretooth de James Hickox ou encore Delta Force One : the Lost Patrol de Joseph Zito.
John Rhys-Davies a joué dans de nombreux feuilletons télévisés et séries télévisées comme Sliders, les mondes parallèles, dans le rôle du Professeur Maximilien Arturo ou Shogun (rôle pour lequel il a été cité aux Emmy Awards), Moi Claude empereur, Hélène de Troie, Britannic. Il apparaît en guest-star, suite au succès du Seigneur des anneaux, dans Airliss, The Justice League, Star Trek : Voyager et Les Contes de la Crypte. Il a même participé à une parodie du Seigneur des anneaux, Lord of the Piercing, un film (réalisé par une chaîne télévisée américaine) qui n'a pas encore été diffusé en France. John Rhys-Davies participe également au dessin-animé Bob l'éponge, dans lequel il prête sa voix au méchant "lunettes noires".
Malgré ses nombreux films et sa collaboration à plusieurs reprises avec Spielberg, le véritable succès de John Rhys-Davies reste l'adaptation cinématographique du Seigneur des anneaux.
Pour l'anecdote, John Rhys-Davies a eu la dernière phalange du majeur droit sectionnée à la suite d'un accident (bien avant le tournage). Par conséquent, quand il est arrivé sur le plateau du Seigneur des anneaux, il a demandé aux maquilleurs de lui confectionner une prothèse en latex pour remplacer la phalange manquante.
Lors d'un entretien accordé à la revue World Magazine, questionné sur son degré d'adhésion aux convictions catholiques de l'auteur du Seigneur des anneaux, Tolkien, voici ce que répondit John Rhys-Davies: « Je pense que Tolkien annonce que des générations feront face à un défi. Et que, si elles ne se réveillent pas pour faire face à ce défi, elles perdront leur civilisation. Et je suis concerné par ça. Je suis à fond pour la culture traditionnelle de l'homme blanc. Il y a beaucoup de gens qui ne comprennent pas combien la civilisation occidentale est précaire, et qui n'en comprennent pas la beauté . L'accroissement des populations musulmanes en Europe est une catastrophe démographique qui menace la civilisation occidentale . Personne ne veut en parler, personne n'ose en parler, parce que nous sommes très attentifs à ne pas offenser les gens racialement. . En 2020, 50 % des enfants des Pays-Bas seront d'ascendance musulmane. »