Connu pour...
Fils de forgeron, il fait ses études à l'école de grammaire de Braintree. À seize ans, sans doute grâce à une sorte de bourse octroyée par le vicaire de Braintree, il part étudier à Cambridge à St Catharine's College. En 1645, il est transféré au Trinity College où son tutor est le professeur royal de grec, James Duport (1606-1679) ; l'un de ses camarades est le futur mathématicien Isaac Barrow (1630-1677). Il semble que cet établissement lui ait plus convenu que le premier. En 1649, il est élu membre (minor fellow). Il occupe une chambre que Sir Isaac Newton (1643-1727) occupera quelques années plus tard. Il donne des lectures sur le grec (à partir de 1651), les mathématiques (1653) et les humanités (1655). Il est praelector (1657), doyen junion (1657), steward de l'école (1659 et 1660). Suivant les habitudes de l'époque, il peut prêcher dans la chapelle de l'école ainsi qu'à St Mary the Great with St Michael avant d'entrer dans les ordres.
Il acquiert une solide connaissance du latin, l'un de ses biographes analysant la qualité et le style de l'écriture latine de John Ray en déduit que celui-ci l'a longuement et attentivement étudié. Contrairement aux usages de son époque, Ray choisira le latin pour ses livres. Ce choix a sans doute provoqué la méconnaissance persistante de son oeuvre parmi les scientifiques anglais et américains. Pourtant, il s'intéresse également à la langue anglaise et fait paraître en 1670 une collection de proverbes sous le titre de Collection of English Proverbs.
John Ray est ordonné prêtre le 23 décembre 1660. La vie calme et studieuse de Cambridge s'interrompt brutalement en 1662, Ray refusant alors d'adhérer à l'Act of Uniformity. Il quitte ses fonctions l'année même de l'entrée de Newton à Trinity College. Il se retire alors dans son village natal où, dit-il lui-même, il se place sous la Providence et de bons amis. On pourrait croire que son départ de Cambridge le conduit à abandonner ses recherches, ne serait-ce que parce qu'il se retrouve isolé et sans disposer des riches bibliothèques de l'université. Mais Ray dispose d'une riche bibliothèque personnelle., ses amis, en outre, doivent l'assister dans ses recherches et lui fournissent certainement des livres.
C'est durant ses années à Cambridge que John Ray rencontre Francis Willughby (1635-1672), entrer comme membre (fellow-commoner) au Trinity College. Bientôt les deux hommes nouent une solide amitié. En 1660, ils partent observer la nature sur l'île de Man. Comme William Derham (1657-1735), qui rencontre Ray à la fin de sa vie, écrira :
Cette amitié n'est pas seulement l'occasion pour Ray d'entamer une fructueuse collaboration, Willughby, homme aisé et généreux, finance leurs voyages communs et offre à Ray, jusqu'à la fin de ses jours, un hébergement ainsi qu'une rente de soixante livres après la mort précoce de Willughby, Ray s'occupant de l'éducation de ses deux fils, Francis (1668-1688) et Thomas (1672-1729). Ray sera toute sa vie reconnaissant et écrira d'ailleurs à la soeur de Willughby :
Willughby meurt à seulement trente-six ans. Les historiens des sciences ont souvent tenté de mesurer la part de l'un ou de l'autre dans les ouvrages que va publier Ray après la mort de Willughby. Il est indéniable, et Ray lui-même le souligne avec une grande modestie, que l'apport de Willughby, la qualité et le nombre de ses observations, est immense. L'oeuvre de deux hommes, où il est impossible de démêler avec exactitude la part prise par l'un ou par l'autre, est un bel exemple de l'amitié en science, qui n'est pas même interrompu par la mort.
De 1663 à 1666, Ray et Willughby voyagent en Europe, parfois en compagnie d'autres compagnons. Ils visitent la France, les Pays-Bas, l'Allemagne, l'Autriche, la Suisse et l'Italie. Ils réalisent de nombreuses observations sur la flore comme sur la faune et rencontrent de nombreux savants. Le voyage est interrompu lorsque le roi de France émet un Édit en 1666 qui interdit la présence de Britanniques sur le sol du royaume. Les deux hommes rapportent une immense moisson d'observations qu'ils commencent alors à organiser.
Ray rencontre, de passage à Montpellier en 1665, Niels Stensen (1638-1686), auteur De Solido intra Solidum naturaliter Contento (publié en 1669 et traduit en anglais en 1671). C'est dans ce traité, à la suite de Robert Hooke (1635-1703), que Stensen établit pour la première fois la vraie nature des fossiles.
Six ans plus tard, Willughby meurt. Quatre ans plus tard, Ray publie l'Ornithology au nom de son ami, suivi, en 1686, de son Historia Piscium. Celui-ci est considéré, plus encore que l'Ornithology, davantage comme l'oeuvre de Ray que de celle de Willughby.
John Ray est élu membre de la Royal Society en 1667. Willughby et Ray font bientôt paraître dans les mémoires de la Royal Society leur première publication scientifique, elle est consacrée à la circulation de la sève dans les arbres. John Wilkins (1614-1672), qui avait activement participé à la création de la Royal Society, lui demande de traduire en latin son livre Real Character.
En 1673, il se marie avec Margaret Oakley de Launton. En 1676, il s'installe à Sutton Coldfield, puis en 1677 à Falborne Hall en Essex. Finalement, en 1679, il s'installe à Black Notley où il décedera.