Il passe sa petite enfance en Californie, mais le divorce de ses parents le force à retourner à Vancouver pour vivre avec sa mère Fiona, directrice de casting et sa soeur Aislaeigh (prononcé Ashley). Passionné depuis son plus jeune âge par la comédie, il fait part à sa mère de son rêve et celle-ci accepte, croyant à une envie passagère. Il participe à diverses auditions qui s'avèrent être brillantes et, dès l'âge de treize ans, il apparaît dans de très nombreuses campagnes publicitaires. Il commence sa carrière d'acteur dans une publicité pour une marque de Chips. Au lycée, Joshua ne brille pas, ce qui lui vaut une mauvaise réputation auprès de ses professeurs. Il sera même renvoyé deux fois, temporairement, de son lycée. Il n'obtient pas son diplôme mais n'a qu'une ambition: être acteur. En environ cinq ans, il enchaîne plus d'une dizaine de films pour la télévision et le cinéma. Mais sa carrière décolle vraiment grâce à son rôle de Pacey Witter dans la série télévisée Dawson. Grâce au succès de la série , il a joué dans plusieurs films dont : Sexe Intentions, Un élève doué, Scream 2, The Skulls. On lui connaît des histoires d'amours avec certaines de ses partenaires, comme Katie Holmes, Rosario Dawson, Brittany Daniel. Depuis 2006, il est le compagnon de Diane Kruger. Il a tourné dans I love your work aux côtés de Giovanni Ribisi, Americano avec Dennis Hopper, The shadow dancer aux côtés d'Harvey Keitel, sans oublier le doublage des dessins animés Racing Stripes et Aurora Boréalis avec Donald Sutherland et Juliette Lewis. En 2007, il partage l'affiche de Bobby avec, entre autres, Anthony Hopkins, Demi Moore et Sharon Stone. Il a reçu le prix du meilleur jeune acteur international à la cérémonie des Golden Graal Awards en Italie. À la rentrée 2008, sur la chaîne de TV américaine Fox, il était à l'affiche de la série la plus attendue du moment : Fringe, de J. J. Abrams. Et au cinéma, on le retrouve dans le film chorale Bataille à Seattle, le 19 septembre 2008 aux USA. Le 12 avril 2010, il reçoit le prix Génie (l'équivalent des Academy Awards au Canada) du meilleur acteur pour sa performance dans le film One Week.
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“ Il y a Joshua Jackson, évidemment, et puis un road-trip à moto avec plein de curiosités gigantesques toutes regroupées en un seul film. ”— cineflo17 septembre 2013