Kinji Fukasaku est né le 3 juillet 1930 à Mito, dans la préfecture d'Ibaraki au Japon.
Il est très tôt confronté à la violence en travaillant durant la Seconde Guerre mondiale dans une fabrique d'armes. Après ses études universitaires, il commence sa carrière en 1953 dans l'important studio japonais Toei comme assistant réalisateur. Il passe à la réalisation en 1961 avec la série du Détective vagabond où il croise un certain jeune homme, Sonny Chiba.
Il investit un genre canonique au Japon, le yakuza-eiga (films sur la pègre japonaise). Ses principaux films de cette époque sont Gangsters en plein jour, Hommes, porcs et loups et Le Caïd de Yokohama. Il réalise les scènes de combat aérien du film américain Tora! Tora! Tora!.
Ses thèmes de prédilection sont l'après-guerre et la transformation de la société japonaise. Dans les années 1970, il transforme l'image classique du yakuza guidé par l'honneur en celle du gangster mené par l'appât du gain avec des films très violents comme Le Cimetière de la morale ou Combat sans code d'honneur en 1973. Ce dernier est un succès critique et commercial qui donnera lieu à quatre suites (plus une nouvelle trilogie). Par ces films, il est l'initiateur du Jitsuroku.
Il s'oriente avec ses films suivants vers le film de samouraïs et la science-fiction. Avec les années 1980, Fukasaku se tourne vers des films plus commerciaux.
En 2000, il réalise une satire violente de la société japonaise avec
Battle Royale. Il commence le tournage de la suite Battle Royale 2 mais doit abandonner à la suite d'un cancer. Son fils,
Kenta Fukasaku, prend le relais et finit le film en hommage. Fukasaku meurt à Tokyo le 12 janvier 2003 d'un cancer de la prostate sans voir le film terminé.
Fukasaku a influencé de nombreux réalisateurs dont
Takeshi Kitano,
Takashi Miike,
John Woo et
Quentin Tarantino.