Maggie est la fille du réalisateur Stephen Gyllenhaal et de la scénariste Naomi Foner Gyllenhaal. Elle est aussi la soeur de l'acteur Jake Gyllenhaal.
Son petit ami est l'acteur Peter Sarsgaard. Ils annoncent leurs fiançailles en avril 2006 ont une petite fille prénommée Ramona le 3 octobre 2006. Peter est un ami proche du frère de Maggie. Les deux ont d'ailleurs tourné ensemble dans Jarhead. Maggie et Peter se marient le 2 mai 2009 en Italie.
Son diplôme de fin d'études secondaires en poche, elle intègre l'Université Columbia de New York.
Elle apparaît dans ses premiers rôles dans les films réalisés par son père : Waterland (1992), Une femme dangereuse (1993), L'Héritage de Malcolm (1998). Après son diplôme universitaire, elle tient quelques seconds rôles, notamment aux côtés de son frère dans Donnie Darko en 2001.
Le rôle qui la révèle au grand public est celui qu'elle tient dans La Secrétaire (Secretary), lui valant une excellente critique et une nomination aux Golden Globes. Elle enchaîne les rôles dans
Adaptation, Casa de los babys de John Sayles et Le Sourire de Mona Lisa, aux côtés de Julia Roberts.
Le 24 avril 2003, elle fait un premier discours engagé à l'Université de Caroline du Nord, à l'occasion duquel elle critique ouvertement l'industrie du film. Elle réitère le 22 avril 2005 au cours d'une interview sur une chaine câblée américaine, au cours de laquelle elle émet l'avis que les États-Unis ont leur part de responsabilité dans les attentats du 11 septembre : « Je pense que les États-Unis ont commis des actes répréhensibles et ont leur part de responsabilité ».
Maggie Gyllenhaal a également été mannequin pour Miu Miu, filiale de la maison de mode Prada, ainsi que pour la marque Reebok.