Shahrukh Khan est né le 2 novembre 1965 à la maternité Talwar de New Delhi. Il est le second enfant de Meer Taj Mohammad Khan, un Pathan né en 1928 à Peshawar (Raj britannique, actuellement au Pakistan) et de son épouse Fatima Lateef de Rawalpindi (Raj britannique). Avec ses frères aînés, Meer Khan s'implique dans la lutte pour l'indépendance de l'Inde aux côtés du leader musulman non-violent Badshah Khan, allié de Gandhi. Cet engagement politique le conduit plusieurs fois en prison à partir de 1942. Pour lui permettre de poursuivre ses études de droit dans de bonnes conditions, sa famille l'envoie à l'Université de Delhi en 1946. Mais en 1947, lors de la partition du pays, son appartenance aux Red Shirts de Badshah Khan lui vaut d'être inscrit sur la liste noire du nouvel État pakistanais et lui interdit tout retour vers sa terre natale pendant de longues années. Il fait la connaissance de sa future épouse quelques années plus tard, dans des conditions dignes d'une comédie romantique de Bollywood. Alors que Fatima est victime d'un grave accident de voiture, Meer se porte à son secours, l'extrait de la carcasse du véhicule et la conduit à l'hôpital où une transfusion sanguine doit être faite dans les meilleurs délais : Meer lui donne son sang et tombe amoureux. Après avoir vaincu les résistances des parents de la jeune femme, peu enclins à accorder la main de leur fille à un homme sans famille et sans situation, Meer et Fatima se marient en février 1959. Ils ont d'abord une fille, Shahnaz Lalarukh, puis cinq ans plus tard, un fils, Shahrukh.
Shahrukh Khan garde un merveilleux souvenir de son enfance, entouré de parents affectueux, d'une grande rigueur morale et d'un haut niveau intellectuel. Pourtant la situation matérielle de la famille n'est pas toujours idéale, le sens des affaires de Meer étant le plus souvent défaillant ; Fatima veille cependant à ce que ses enfants bénéficient d'un certain confort et d'une bonne instruction. Dans sa famille, Shahrukh reçoit une éducation libérale tant en matière de religion, de suivi scolaire, de loisirs que du choix de ses amis. À partir de 1972 il fréquente l'école St. Columba tenue par de stricts frères irlandais. Ses farces et ses imitations y séduisent plus ses copains de classe que les professeurs mais, flirtant avec le règlement et obtenant de bons résultats tant dans les matières de culture générale que dans les disciplines sportives et artistiques, il n'est jamais renvoyé. À l'issue de sa scolarité, il reçoit la Sword of Honor, récompense décernée aux élèves les plus brillants. Il intègre ensuite le Hans Raj College où il obtient un diplôme d'économie puis la Jamia Millia Islamia (National Islamic University) où il étudie la communication sans achever son cursus.
La jeunesse de Shahrukh Khan est attristée par la mort de son père qui succombe à un cancer en 1980, puis par celle de sa mère qui décède d'une septicémie dix ans plus tard.
Shahrukh Khan rencontre Gauri Chibba en 1984 mais les parents de la jeune fille, hindous et aisés, s'opposent à une union avec un musulman, orphelin et sans véritable métier. Cependant les jeunes gens ne se découragent pas et poursuivent leur relation en secret pendant six ans. Finalement les parents de Gauri consentent au mariage qui est célébré selon le rite hindou le 25 octobre 1991. Gauri et Shahrukh ont deux enfants : un fils, Aryan, né en 1997 et une fille, Suhana, née en 2000, qu'ils élèvent dans les religions musulmane et hindoue.
Bien qu'il n'ait aucun lien de parenté avec les acteurs
Aamir Khan,
Salman Khan ou
Saif Ali Khan, Shahrukh Khan a réussi à faire sa place dans le monde du cinéma, en jouant des rôles variés et novateurs, ce qui lui vaut de nombreuses récompenses dont dix Filmfare Awards du meilleur acteur :
« Ma vie est fondée sur trois principes très simples : travailler dur, ne pas penser du mal des autres et être honnête avec soi-même. »