Il naît à Toulouse, en Haute-Garonne, le 18 septembre 1961. Dès l'âge de 13 ans, il écrit des histoires pour un fanzine, partie de sa vie qui lui servira pour ses romans, comme dans L'Empire des anges. Après ses études en criminologie à l'Institut de Criminologie de Toulouse et de journalisme à l'Ecole Supérieure de Journalisme de Paris, il devient journaliste scientifique pendant une dizaine d'années, notamment pour Eurêka, le magazine de la Cité des sciences et de l'industrie. Il fut aussi un collaborateur régulier du Nouvel Observateur. De ces années lui vient son goût pour la science, qu'il mêle avec ses thèmes favoris, des fourmis à la mort jusqu'aux origines de l'humanité.
Les oeuvres de Bernard Werber ont été traduites en trente-cinq langues. Avec 15 millions d'exemplaires vendus dans le monde, Bernard Werber est, avec Marc Lévy, l'un des auteurs français contemporains les plus lus au monde. Il est même considéré comme une star en Corée du Sud.
Suite à son livre éponyme, il a initié l'Arbre des possibles, site Web et « projet pour rechercher ou imaginer les futurs possibles de l'humanité ». Le premier long-métrage de cinéma réalisé par Bernard Werber, Nos amis les Terriens, est sorti en avril 2007. Produit par
Claude Lelouch, sa bande-annonce fut projetée en avant-première lors de sa conférence à Mensa.