Christopher Marquette commence à Dallas à l'âge de 4 ans comme mannequin. Puis il fait ses débuts en tant qu'acteur à 8 ans, il incarne alors le fils de Mira Sorvino dans Sweet Nothing en 1995. Il joue ensuite en 1999 dans The Tic Code aux côtés de Gregory Hines. Il tire ses succès dans des films comme Just Friends,
The Girl Next Door ou Freddy contre Jason.
Christopher joue dans American Gun, sorti au Festival international du film de Toronto en 2005 aux côtés de Justin Timberlake, Sharon Stone, Bruce Willis et rejoint Emile Hirsch dans le film de Nick Cassavetes, Alpha Dog en 2006, dont la première eut lieu au Festival du film de Sundance de 2006.
Il est l'anné de trois frères. Poussés par leurs parents dans leurs carrières. Sean Marquette (qui joue dans 30 ans sinon rien de Gary Winick), le plus jeune dit qu'il tire son inspirationde son frère Christopher. Quant à Eric Marquette, lui, joue notamment dans Desperate Housewives, Les Experts, et Malcolm.
Il fait régulièrement des dons à différentes associations comme Sunshine Foundation, le Cancer, Jeux olympiques spéciaux et les enfants atteints de SIDA. Christopher vit avec sa famille à Los Angeles.