Née à New London, dans le Connecticut. Elle est membre de Mensa et parle français et espagnol. Elle fut aussi membre du Steppenwolf Theatre Company de 1979 à 2005.
Sa carrière cinématographique débute en 1981 avec Georgia, d'
Arthur Penn, mais c'est en 1988, elle obtient un rôle de premier plan dans
Le plus escroc des deux, partageant la vedette avec
Steve Martin et
Michael Caine. Elle retrouvera Martin huit ans plus tard pour le film
Sergent Bilko. Elle apparaît dans de nombreux films comme Dick Tracy, en incarnant la petite amie du héros, Professeur Holland, pour lequel elle a étudié le langage des signes américain et Journal intime d'une future star.
À la télévision, Headly a obtenu un rôle récurrent, celui du docteur Abby Keaton dans Urgences, de 1996 à 1997, suivi des séries Encore! Encore! et de Monk, en incarnant la femme du capitaine Stottlemeyer, de 2003 à 2006. Elle fut nommée deux fois aux Emmy Awards, pour sa prestation dans les téléfilms Lonesome Dove (1989) et Bastard Out of Carolina (1996)
Au théâtre, elle a joué dans plusieurs pièces dont très récemment dans The Guys, avec
David Hyde Pierce, qui fut joué en décembre 2001.
Récemment, elle a participé aux séries Grey's Anatomy et Les Experts.
Glenne Headly fut l'épouse de
John Malkovich, de 1982 à 1988. Depuis 1993, elle est mariée à Byron McCulloch, avec lequel elle aura un enfant.