Kiron Kher a tourné dans son premier film, Aasra Pyar Da, en 1983 et a été acclamée par la critique. Suite à son divorce, elle a fait une pause dans sa carrière pour élever son fils Sikander Kher mais travaillait cependant pour son second mari,
Anupam Kher, comme costumière. En 1988, Kiron apparaît aux côtés de son mari dans le film Pestonjee. Elle effectue son retour au théâtre, avec la pièce Saalgirah écrite par Feroz Khan.
Elle est apparue dans trois émissions de télévision : Purushkshetra sur Zee TV (en) , Kiron Kher Today et Jagte Raho with Kiron Kher, avant de tourner des films de Bollywood où elle incarne des mères éplorées.
Elle effectue son grand retour avec le film Karan Arjun (1995), suivi par le film très acclamé de Shyam Benegal, Sardari Begum (en) (1996), qui a remporté le Special Jury Award (grand prix spécial du jury) au National Film Awards en 1997.
En 2000, elle a tourné dans le film bengali de Rituparno Ghosh, Bariwali, acclamé par la critique. Bien qu'elle ait remporté le National Film Awards pour la meilleure actrice dans ce film, un débat a été lancé car une actrice bengali, Rita Koiral, a prétendu qu'elle avait doublé le personnage de Kiron, demandant une récompense pour elle aussi. Mais Kiron nia les accusations affirmant qu'elle avait passé des heures à répéter ses dialogues. La récompense n'a pas été partagée.
En 2002, elle joue dans Devdas (2002) aux côtés de
Shahrukh Khan, Madhuri Dixit et
Aishwarya Rai ; elle a été nommée lors des Filmfare Awards pour le meilleur second rôle féminin.
Pour son rôle dans Eau dormante (2003), elle a remporté le prix de la meilleure actrice aux Festival International du film de Locarno en Suisse, Festival International du film de Karachi, tandis que le film lui-même remportait le prix du meilleur film Golden Leopard, Festival Grand Prize à Locarno. Lors du Festival indien du film à Los Angeles en 2004, Kiron Kher a été acclamée.
En octobre 2004, elle apparaît de manière exceptionnelle aux côtés de son mari dans la série TV américaine Urgences où elle joue la mère de
Parminder Nagra, dans l'épisode Damaged de la saison 11 d'Urgences (2004). En 2005, elle interprète le rôle de Sunanda dans la série Prratima sur Sahara One, elle joue également dans Dil Na Jaane Kyon (Zee TV), Isi Bahane et Chausath Panne.
Bien que jouant majoritairement des seconds rôles, la liste de ses succès ne cesse de s'allonger avec Main Hoon Na (2004), Hum Tum (2004), Veer-Zaara (2004), Mangal Pandey: The Rising (2005), Fanaa (2006), Kabhi Alvida Naa Kehna (2006) et Rang De Basanti (2006). Pour ce dernier film, elle a été nommée pour la seconde fois de sa carrière lors des Filmfare Awards dans la catégorie meilleur second rôle féminin.
En 2008, elle joue des rôles essentiellement comiques. La même année, elle tourne dans Singh Is Kinng, Saas bahu aur Sensex et Dostana.