Le cardinal Altamirano, visiteur apostolique des missions jésuites en Amérique du Sud, écrit son rapport au pape. Au fil de ce qu'il écrit, il revoit ce qu'il a appris au cours des derniers mois. Un prêtre jésuite espagnol s'aventure dans la forêt tropicale sud-américaine au XVIIIe siècle afin de convertir les Amérindiens : un travail d'approche difficile mais réussi grâce à la musique. Il est bientôt rejoint par un ancien chasseur d'esclaves converti et cherchant la rédemption. Le prêtre fait visiter plusieurs missions au cardinal Altamirano qui est impressionné par la qualité de développement et de vie qu'il y découvre. A la fin de son séjour, Altamirano révèle la décision, qui en fait avait été prise avant même son arrivée en Amérique du Sud : les jésuites doivent quitter les réductions. Le prêtre et le frère Rodrigo refusent d'abandonner les Guaranis. De manière différente, ils organisent la résistance à l'assaut de l'armée portugaise venue appliquer les accords, signés en Europe, de partage des terres entre Espagnols et Portugais. La mission est détruite: les Guaranis retournent dans la forêt. Le cardinal conclut son rapport: "Et donc, Votre sainteté... vos prêtres sont morts... et moi... vivant. Mais à la vérité, c'est moi qui suis mort... tandis qu'ils sont vivants. Car il en va toujours ainsi, Votre sainteté. L'esprit des morts survit... dans la mémoire des vivants."
Ce film relate en 2h00 les quelques 150 ans d'histoire des réductions guaranies, sortes de républiques autonomes créées par les jésuites et approuvées par le pouvoir colonial espagnol, aux confins du Paraguay, de l'Argentine et du Brésil. Il fait également allusion à la Guerre des Guaranis de 1754-1756.