Bien avant de débuter dans le cinéma, il avait quitté l'école pour se lancer dans une carrière de skateboarder professionnel. Au début des années 1990, il apparaît en skateur dans le clip de "100%" de Sonic Youth, réalisé par Spike Jonze et extrait de leur album Dirty.
Sa carrière au cinéma débute en 1993, par un petit rôle dans Mi vida loca d'Allison Anders. Mais c'est réellement à l'âge de 25 ans, avec Les Glandeurs (1995) de Kevin Smith, que sa carrière démarre. Il devient ami de Kevin Smith qui le fera jouer dans beaucoup de ses films : Méprise multiple, Dogma, Jay & Bob contre-attaquent, Père et Fille et Clerks 2. Jason Lee est également le parrain de la fille de Kevin Smith et Jennifer Schwalbach Smith, Harley Quinn Smith.
Parallèlement à ces films, Jason Lee se fait connaître par ses seconds rôles dans des grosses productions (Ennemi d'État de Tony Scott, Dreamcatcher de Lawrence Kasdan, Vanilla Sky de Cameron Crowe, ...) et dans des films plus modestes (Presque célèbre de Cameron Crowe, Beautés empoisonnées, ...). Il est également apparu dans le film français Cuisine américaine.
Il participe également aux doublages de plusieurs films d'animation, dont Les Indestructibles, Monster House et
Underdog, chien volant non identifié.
Malgré un nombre important de films, c'est surtout en 2005 qu'il acquiert une importante notoriété grâce à la série télévisée Earl (My Name Is Earl). Il y tient le rôle principal d'Earl J. Hickey, un criminel minable qui décide de faire une liste pour racheter ses erreurs, après avoir gagné 100 000$ au loto. La série s'arrêtera en 2009.
En 2007, il apparaît dans le film pour enfants Alvin et les Chipmunks, puis dans sa suite Alvin et les Chipmunks 2 en 2009.
En 2010, il retrouve Kevin Smith pour la comédie policière Top Cops avec Bruce Willis, Tracy Morgan et Seann William Scott.
Jason Lee est membre de la scientologie.