Ben Affleck nait en Californie, mais grandit à Cambridge dans le Massachusetts. Son père était un travailleur social qui a divorcé entre temps. Sa mère était professeur d'école.
Dès sa jeunesse, il joue des rôles dans des films de télévision, parfois avec son frère Casey Affleck, né en 1975. C'est ainsi qu'il fait ses débuts sur le petit écran à l'âge de huit ans, dans la série The Voyage of the Mimi (1984).
À cette époque, il se lie d'amitié avec l'acteur Matt Damon. Après leurs études, ils s'installent tous deux à Los Angeles. Ils écrivent ensemble le scénario de Will Hunting qui sort en 1997. Ils obtiennent de nombreuses récompenses dont l'Oscar du meilleur scénario original et le Golden Globe du meilleur scénario en 1998, ce qui leur permet de se faire connaître auprès du public, et de décrocher d'autres rôles.
Au début de sa carrière d'acteur, il joue dans des productions indépendantes comme Génération Rebelle ou Les Glandeurs (Mallrats). Ensuite, il se tourna vers des films plus intimistes comme 200 Cigarettes, aussi bien que vers des superproductions comme
Armageddon ou
Pearl Harbor avec Josh Hartnett.
En 2007, sort sur les écrans son premier long-métrage en tant que réalisateur Gone Baby Gone. Son frère
Casey y tient le rôle principal d'un détective privé. Michelle Monaghan, Morgan Freeman et Ed Harris sont également de la partie. Ce film est adapté d'un livre du même nom de Dennis Lehane. Ce film permet à Ben Affleck d'être plus crédible en tant que réalisateur auprès des professionnels.
En 2010, il sort son second film en tant que réalisateur, The Town. Il y tient également le rôle principal, celui d'un braqueur du quartier sensible de Boston, Charlestown.