Il commença à travailler pour la Walt Disney Company en tant qu'assistant-éditeur sur les films documentaires True-Life Adventure en 1954. Il se maria à Patricia Ann Dailey en 1955 et est le père de quatre enfants : Susan, Timothy, Roy Patrick et Abigail.
Il continua à travailler comme écrivain, directeur et producteur. En 1967 il est élu au directoire de la Walt Disney Company.
Il refusa d'être un haut responsable en 1977 à cause d'une différence de points de vue concernant les décisions de ses collègues du moment. Il déclara plus tard : « J'ai juste senti que créativement, la société n'allait nulle part. C'était très frustrant. » Mais il conserva son poste au directoire. Sa démission en 1984 fut le début d'une série de modifications dans le département de direction durant l'année, y compris le remplacement du président-directeur général Ronald William Miller (marié à Diane Marie Disney, fille de Walt) par
Michael Eisner et Frank Wells.
Roy revint rapidement dans la société, en 1984, comme vice-président du directoire et responsable du département animation.
Il prit pour but de revitaliser la tradition de la société dans les films d'animations, et à la fin de la décennie le département des succès obtint plusieurs succès. Les employés du département avaient prié Roy de leurs accorder suffisamment de liberté artistique pour leurs projets. Durant les années 1990, l'animation produisit un grand nombre de films commercialement rentables, acclamés par les critiques. Cette période fut appelée une "renaissance" pour la société et pour l'animation en général, bien que les profits commençassent à baisser à la fin de la décennie.
Le 16 octobre 1998, lors d'une réunion surprise, faite à la nouvellement construite Disney Legends Plaza au siège social de la société, le PDG
Michael Eisner lui décerna le prestigieux Disney Legends Award.
Le principal projet de Roy fut le film
Fantasia 2000, une suite au film animé de 1940
Fantasia produit par son oncle
Walt Disney. Walt Disney avait prévu une suite, voire plusieurs, mais elles ne furent jamais réalisées. Roy fut le producteur exécutif sur le film, dont la production prit neuf ans, et qui sortit en salle le 17 décembre 1999. Comme son prédecesseur, le film combine l'animation contemporaine de haute qualité et la musique classique.
Roy avait gagné un statut de célébrité. Il était le dernier membre de la famille Disney à être encore impliqué activement dans la société. On l'a aussi bien comparé à son oncle
Walt Disney qu'à son père Roy Oliver Disney, et on déclare qu'il leur ressemble tant en apparence qu'en personnalité. Forbes magazine a estimé sa fortune personnelle autour de 900 millions $.
Après une mésentente avec le PDG
Michael Eisner, l'influence de Roy Disney commença à décliner, d'autant que beaucoup de responsables proches de Eisner furent nommés à des plus hauts postes. Quand le directoire rejeta une demande de Roy pour repousser le terme de son mandat, il annonca sa démission le 30 novembre 2003, citant de « sérieuses différences d'opinion sur la direction et le type de management » dans la société. Il émit une lettre accusant Eisner de mauvaise gestion de la société, de négligence sur la division des studios d'animation, évoquant les échecs de ABC, une timidité dans le domaine des parcs à thèmes, l'installation d'un mentalité d'entreprise « corporate » dans la structure hiérarchique, transformant la Walt Disney Company en une « société rapace, sans âme », et refusant d'établir un plan de succession clair.
Après sa démission, Roy E. Disney aida à créer le site internet SaveDisney.com, tentant de démettre
Michael Eisner et ses soutiens de leurs positions et surtout de revitaliser la Walt Disney Company. Mais ses partisans, nombreux au sein des studios, furent licenciés pour des raisons économiques.
Le 3 mars 2004, au congrès annuel des actionnaires de Disney, un pourcentage surprenant et sans précédent de 43 % des actionnaires, principalement rassemblés autour de Roy Disney et Stanley Gold, vota pour s'opposer à la réélection d'Eisner comme PDG. Cela obligea le directoire à le démettre de son mandant de président pour donner la place à
George Mitchell. Une rumeur prétendait qu'il pourrait poser une démission de son poste de directeur général avant la fin de son contrat en 2006.
Le 13 mars 2005, Disney annonça que Robert A. Iger remplacerait Eisner comme directeur général le 1er octobre, un an avant l'expiration de son contrat. Eisner, toutefois, recevra son salaire jusqu'à l'expiration en 2006. Quoique Roy désirât le départ de Eisner, les rapports indiquaient qu'il était mécontent de ce remplacement, Iger étant un proche et le dauphin d'Eisner depuis longtemps ; il doit donc continuer sa croisade pour revitaliser la société de sa famille.
Roy E. Disney resta toutefois actif dans le domaine de l'animation et les médias en général avec son fonds d'investissements personnels Shamrock Holding. Certains attribuent à cette société la découverte de Pixar.
Le 16 décembre 2009, Roy meurt d'un cancer à Newport Beach à l'âge de 79 ans.
Le 10 janvier 2010, lors de la cérémonie funéraire en hommage à Roy Edward Disney, Robert Iger a annoncé que le bâtiment serait renommé Roy E. Disney Animation Building.