D'abord sociétaire à la Comédie-Française, Huster crée la Compagnie Francis Huster, avec laquelle il monte plusieurs spectacles pour un public large et populaire. Cette aventure fut un vivier de jeunes talents tels que
Clotilde Courau, Valérie Crunchant,
Cristiana Reali (dont il était le compagnon jusqu'en 2008 et avec laquelle il a deux filles, Elisa et Toscane),
Estelle Skornik,
Valentine Varela,
Olivier Martinez...
La Compagnie Francis Huster a joué Le Cid de Pierre Corneille en 1993 et 1994 à travers toute la France, en Belgique et à Monaco.
Francis Huster réalise en 2008 la reprise d'
Umberto D., film de
Vittorio de Sica. Ce film, intitulé
Un homme et son chien, marque le retour de
Jean-Paul Belmondo au cinéma et réunit une pléiade d'acteurs français, parmi lesquels
Hafsia Herzi,
Jean Dujardin,
Robert Hossein,
Pierre Mondy,
Caroline Silhol,
Barbara Schulz,
Emmanuelle Riva,
Micheline Presle,
Nicole Calfan ou encore Daniel Prévost. Ce film sera un échec.
Nommé chevalier le 26 septembre 1991, Francis Huster se vit remettre les insignes d'Officier de la Légion d'honneur par le Président de la République,
Jacques Chirac le 3 novembre 2006. Il est nommé commandeur dans l'Ordre des Arts et des Lettres en janvier 2010. Il est nommé commandeur de l'ordre national du Mérite le 14 mai 2010.
Le 7 juin 2010, il est nommé par le Ministre de la culture Frédéric Mitterrand à la tête du centre dramatique national Les Tréteaux de France. Il succédera le 1er janvier 2011 à Marcel Maréchal.