Américain, né dans les années 1940, le vrai nom de John Clark est John Kelly. Il participe à la guerre du Vietnam en tant que commando de l'US Navy Seal. Rendu à la vie civile, il devient l'époux de Tish, qui tombe enceinte. Elle meurt dans un accident de voiture, causé par un semi-remorque. Peu après, John Kelly rencontre une jeune femme, Pam, qui s'avère être la victime d'un réseau de proxénétisme et de drogue. Cette dernière, traquée par une bande de maffieux est exécutée. Par vengeance, il assassine plusieurs dealers et autres criminels pour remonter jusqu'au réseau responsable de la torture et de la mort de Pam.
Parallèlement, il est contacté par l'armée dans le cadre d'une opération de sauvetage. Il doit évacuer un pilote, du nom de Robin Zacharias, capturé au Vietnam, qui s'avère être un officier du
Strategic Air Command. Ce dernier est interrogé par un espion russe, qui s'intéresse aux stratégies aériennes mises en oeuvre par les États-Unis, ce qui oblige la CIA à lancer une opération d'évasion d'urgence. Le rôle de John Kelly est d'espionner le camp de prisonniers où est retenu Zacharias. De retour aux États-Unis, il est traqué par la police pour le meurtre de plusieurs dealeurs. Ainsi, il est arrêté par Emmet Ryan, le père de Jack Ryan, qui le relâche peu après. Après une course-poursuite en bateau, il se fait passer pour mort. Il demande asile à la CIA et il devient John Clark. Peu après, il se marie avec une infirmière, Sandy O'Toole (voir Sans aucun remords).
Il participe à l'évacuation de la femme et des 2 filles du chef du KGB, Gerasimov, avant que ce dernier passe à l'ouest (voir Le Cardinal du Kremlin). Contacté par James Ritter, le directeur des opérations de la CIA, il devient le superviseur d'un commando paramilitaire, dont le but est de détruire les productions de cocaïne d'un cartel en Amérique du Sud. Fait la connaissance de Domingo "Ding" Chavez, l'éclaireur du groupe de combat, ainsi que du directeur adjoint de la CIA, Jack Ryan (voir Danger immédiat).
Il devient le chauffeur et garde du corps de Ryan, toujours directeur adjoint de la CIA. Clark est assisté par Ding Chavez dans cette tâche. Puis, il participe à une opération d'espionnage de divers membres commerciaux japonais et capture les responsables de l'attentat nucléaire de Denver (voir La Somme de toutes les peurs)
En tant que commando, il enlève un trafiquant d'armes en Afrique. En tant qu'espion, il réactive un réseau de renseignements au Japon, mis en place par l'ex-URSS. Lorsque le Japon déclare la guerre aux États-Unis, il met en place des opérations de sabotage sur le territoire japonais. Avec l'aide de Ding Chavez, il participe à la libération de l'ancien premier ministre du Japon, Mogaratsu Koga, qui a été retenu par le nouveau régime (voir Dette d'honneur)
Il infiltre, avec Chavez, la RIU et, sur ordre de Ryan, devenu président des États-Unis, guide une bombe au laser sur le palais de l'ayatollah iranien Mahmoud Daryaei. Il devient le beau-père de Ding Chavez, qui se marie avec Patsy Clark (voir Sur ordre).
En Angleterre, il crée une force antiterroriste internationale dans le cadre de l'OTAN, avec l'aide d'un ancien officier du SAS. Cette force, du nom de Rainbow, comprend deux équipes d'intervention dont l'une (Team 2) est dirigée par Ding Chavez. John Clark participe à la supervision de plusieurs opérations, lancées contre des terroristes preneurs d'otages. Il découvre une incroyable conspiration, dont le but suprême est l'extermination totale de la race humaine, à l'aide d'une variante du virus Ebola (voir Rainbow Six).
Il forme de futurs agents de renseignements à Langley, plus précisément à la "ferme", là où on les forme. Par la suite, il entraine les Spetsnaz en Russie. Avec une des équipes de Rainbow Six et des Spetsnaz, il tente d'anéantir le potentiel nucléaire chinois, en attaquant des silos de missiles. Il est désormais grand-père par Ding Chavez (voir L'Ours et le Dragon).
Dans le film Danger immédiat (1994), il est incarné à l'écran par l'acteur
Willem Dafoe puis par
Liev Schreiber dans le film La Somme de toutes les peurs (2002).