John Hancock est né à Braintree (Massachusetts) dans un quartier qui fait aujourd'hui partie de la ville de Quincy. Très jeune, il devient orphelin de père et est adopté par son oncle paternel, Thomas Hancock, un riche marchand de Nouvelle-Angleterre. Après avoir suivi les cours de la Boston Latin School, il entre à Harvard où il obtient son diplôme en 1754, à 17 ans. Il travaille ensuite pour son oncle. De 1760 à 1764, Hancock vit en Nouvelle-Angleterre où il tisse des liens avec les clients et les fournisseurs des chantiers navals de son oncle. Peu après son retour d'Angleterre, son oncle meurt et il hérite de sa fortune et de ses affaires, devenant ainsi l'un des hommes les plus riches de Nouvelle-Angleterre à cette époque. À la mort de sa tante en 1776, il hérite également du Hancock Manor.
Hancock épouse Dorothy Quincy (la tante de Dorothy Quincy, qui portait le même nom que sa nièce était l'arrière grand-mère du poète américain,
Oliver Wendell Holmes) avec laquelle ils auront deux enfants, Lydia Hancock, en 1777, qui ne vivra que 10 mois et John George Washington Hancock, en 1778, qui ne verra pas son neuvième anniversaire.
En raison de la célébrité de Hancock et de la fréquence de son nom de famille, nombre d'Américains persistent à croire qu'ils sont ses descendants, parmi eux, on peut citer l'écrivain Ernest Hemingway. Les deux seuls enfants connus de Hancock étant morts avant l'adolescence, ceci est impossible.
En tant que membre de l'exécutif de la ville de Boston, représentant à l'assemblée législative du Massachusetts et riche commerçant, Hancock, tout naturellement se doit de résister au Stamp Act de 1765, qui impose une taxe sur tous les contrats commerciaux.
Le Stamp Act est rejeté, mais de nouvelles lois (comme le Townshend Acts) conduisent à la taxation des biens de consommation. Hancock commence alors à intégrer la pratique de la contrebande du verre, du plomb, du papier et du thé, dans son commerce. En 1768, lors d'un retour d'Angleterre, son sloop Liberty est saisi par les douanes britanniques pour violation de la loi sur les droits de douane. Une émeute, déclenchée par des Bostoniens qui attendent ces marchandises, éclate alors.
Ses activités commerciales légales et moins avouables servent à financer la résistance à l'autorité britannique dans la région, ce qui mène à une plaisanterie de la part des habitants de Boston disant :