Michael est né à Brampton, au Canada. Il est le fils de Linda, native du Québec, et de Luigi Cera, un technicien de Xerox originaire de Sicile. Il a deux soeurs, Jordan, qui est son aînée, et Molly, sa soeur cadette. Après la neuvième année, il a suivi des cours par correspondance.
Il a commencé sa carrière dans la série I Was a Sixth Grade Alien en 2001. En 2002, il incarne le jeune Chuck Barris, dans Confessions d'un homme dangereux de
George Clooney. Michael a également incarné George Michael Bluth dans la série TV maintes fois primée, Arrested Development, et cela durant trois saisons, avant que celle-ci ne s'arrête. Il est apparu dans la saison 2 de Veronica Mars.
En novembre 2007, il a animé le Saturday Night Live, mais une partie de son sketch n'a pas été diffusée à la télévision, en raison de la Grève de la Writers Guild of America (2007-2008). Toujours en 2007, il rejoint la distribution de Juno, avec
Ellen Page, film dans lequel il interprète Paulie Bleeker. Il est, la même année, à l'affiche de
SuperGrave, comédie à succès écrite par
Evan Goldberg et
Seth Rogen.
En 2009, son premier récit Pinecone paraît aux éditions McSweeney's Quarterly.
En 2010, il joue le personnage de Scott Pilgrim, un bassiste dans un groupe de rock qui doit affronter de terribles adversaires pour conquérir celle qu'il aime, dans le film du même nom, adapté d'un comic.