Henry Moati est le dernier d'une fratrie de trois enfants nés au sein d'une famille juive tunisienne dont il retrace l'histoire dans Villa Jasmin qu'il publie en 2003. Son père Serge (1903-1957), socialiste et franc-maçon rattaché à la communauté des Granas, était journaliste, notamment à Tunis socialiste et au Petit Matin ; arrêté pour ses activités de résistance durant la Seconde Guerre mondiale, il fut déporté et interné au camp de concentration de Sachsenhausen avant de parvenir à le quitter ; il participa ensuite à la libération de Paris avant de retrouver sa famille. Sa mère Odette Scemama (1905-1957) est quant à elle issue de la communauté des Twânsa, ce qui donna un caractère particulier au mariage de ses parents.
Éduqué au lycée Carnot de Tunis, il vit en Tunisie jusqu'à la mort successive de ses parents en août et octobre 1957. Orphelin à l'âge de onze ans, il quitte le pays et s'installe avec sa soeur Nine à Paris.
En tant qu'acteur Serge Moati joue un petit rôle dans
Les Quatre Cents Coups, de François Truffaut et le rôle d'un metteur en scène dans le téléfilm Au bout du chemin (1981) où il croise
Claude Jade en comédienne. Il jouait le rôle d'un proviseur dans Sami le pion. On l'aperçoit également comme figurant à la fin du film Le Courage d'aimer de
Claude Lelouch (2005), où il joue le rôle d'un prêtre célébrant le mariage simultané des jumelles Anne et Clémentine jouées par
Mathilde Seigner.
En 2009, il joue un rôle de pharmacien dans le film
Plus tard tu comprendras d'Amos Gitaï.
Conseiller auprès de Mitterrand pour le débat télévisuel d'entre deux tours de 1981, il élabore avec
Robert Badinter une codification en 21 points des règles du débat acceptée par le camp de Valéry Giscard d'Estaing et destinée à favoriser le candidat Mitterrand (plan de coupe, distance, etc.). Cette codification du débat est toujours en vigueur et c'est sur cette base que s'organise le débat de 2007 entre Ségolène Royal et
Nicolas Sarkozy.
Moati considère qu'il faut entendre les arguments de Jean-Marie Le Pen. Il a déclaré au Journal du dimanche que ce dernier était un « type marrant sympa et cultivé » puis l'a reçu dans l'émission Ripostes. Ses commentaires lors du reportage d'Arte de 2003 montrent toutefois l'opposition entre les idées du leader du Front national et les siennes. Didier Porte en a fait une chronique en sa présence.
Il anime Ripostes sur France 5, une émission de débats politiques et sociaux. En mai 2009, la direction de la chaine annonce que son magazine politique ne sera pas reconduit à la rentrée de septembre.
Il présente, depuis septembre 2009, une émission sur le cinéma le samedi vers 18 h toujours sur France 5.