Né dans la banlieue de Port-au-Prince, Wyclef Jean émigre aux États-Unis à l'âge de dix ans et part vivre à New York dans les lotissements de Brooklyn rejoindre sa famille. C'est là qu'il rencontre Pras Michel qui sera son grand ami d'enfance, tant et si bien qu'ils s'autoproclameront cousins.
Il part poursuivre ses études dans le nord du New Jersey, où il commence la guitare et étudie le jazz à l'école secondaire (high school).
En 1989 Pras Michel et Wyclef Jean ambitionnent d'enregistrer un disque mais ils ne connaissent personne dans le milieu de l'industrie musicale. Mais Pras a une amie d'école, Lisa, dont le père n'est autre que le légendaire et très réputé producteur, musicien et membre fondateur du groupe Kool and the Gang: Ronald Khalis BELL. Pras lui demande de les aider. Ronald Khalis BELL accepte et commence donc à travailler avec eux et à les faire répéter dans un studio du New Jersey. Peu de temps après, Pras présente, à Wyclef Jean et à Ronald Khalis BELL,
Lauryn Hill, une amie d'école. Khalis les encourage à former un groupe. Ils créent alors The Translators" (on trouve parfois le terme "The Tranzlator Crew, mais ce nom, attribué a posteriori n'est pas celui sous lequel le groupe se produisait à l'époque) en 1989. En 1994, à la veille de la sortie de leur premier album, les Translators sont contraints de changer de nom, afin d'éviter toutes confusions ou conflits avec un autre groupe du même nom. Ils deviennent alors les Fugees, ils enregistrent en 1994 l'album Blunted On Reality (produit par Ronald Khalis BELL), puis en 1996, The Score.
En 1997, chaque membre des Fugees travaille sur des projets solo et Wyclef sort Wyclef Jean Presents: The Carnival Featuring the Refugee All-Stars. En 2004, il sort son album Welcome to Haiti: Creole 101 avec notamment le titre "Fanm Kreyol" en featuring avec Admiral T et "24 heures à Vivre" en featuring avec la formation Muzion. Il pose également sur l'album Mozaik Kreyol de ce dernier dans le titre "Secret Lover".
Durant l'année 1998 il participe à l'album Chef Aid: The South Park Album.
Il est très engagé pour son pays natal et a créé la Wyclef Jean Foundation. Il a également fondé une organisation du nom de « Yéle Haïti » en 2005. Il a invité
Angelina Jolie et
Brad Pitt pour fêter l'anniversaire de l'organisation.
En 2006, pour venir en aide aux immigrés latinos aux États-Unis, Wyclef Jean enregistre Nuestro Himno, version espagnole de l'hymne américain The Star-Spangled Banner avec Pitbull, Carlos Ponce, Olga Tañón, Ivy Queen, Andy Andy, Autoridad de la Sierra, Aventura & Rayito, Kalimba, LDA, Tony Sunshine, Patrulla 81, Frank Reyes, Gloria Trevi, Yamayea, N'Klabe, Reik, Kany. Cette même année il apparait dans le documentaire musical de
Michel Gondry : Dave Chappelle's Block Party, dans lequel on voit se reformer son ancien groupe The Fugees sur une scène de Brooklyn, huit ans après leur séparation.
Le 11 juillet 2009, il participe à un unique concert en Europe lors du Festival de Jazz de Montreux en Suisse.
En 2010, suite au tremblement de terre d'Haïti de 2010, Wyclef Jean appelle à la générosité sur son blog et son compte Twitter et participe è l'enregistrement de « We Are the World 25 for Haiti ».
Wyclef Jean annonce le 5 août 2010 qu'il sera candidat aux prochaines élections présidentielles en Haiti. Toutefois, cette candidature fut refusée un peu plus tard par le Conseil électoral provisoire haïtien en raison de son lieu de résidence. Il décida, par la suite, de faire appel de cette décision.