Émile Zola naît à Paris le 2 avril 1840 d'un père italien. Il est le fils unique de Francesco Zola et d'Émilie Aubert. Son père, ingénieur de travaux publics, ancien officier subalterne italien, soumissionne la construction d'un système d'amenée d'eau potable à Aix-en-Provence depuis la montagne Sainte-Victoire. Il obtient le contrat le 19 avril 1843 et s'installe alors avec sa famille à Aix-en-Provence. La concession est signée en 1844, il crée avec des partenaires financiers la société du canal Zola. Les travaux commencent en 1847. Il meurt de pneumonie en 1847 après avoir été responsable de la construction du Barrage Zola à Aix-en-Provence.
Les créanciers poursuivent alors la société du canal. En 1851, Madame Aubert se rend à Paris avec son fils pour suivre les actions en justice contre Jules Migeon et les créanciers qui se disputent la Société du canal Zola. Les créanciers font déclarer en banqueroute la société par le tribunal de commerce d'Aix-en-Provence en 1852. Le 10 mai 1853, la Société du canal Zola est bradée aux enchères. Elle est rachetée par ses créanciers et devient "Migeon et Compagnie".
Émilie Aubert, sa mère, totalement démunie, s'occupe de l'orphelin avec la grand-mère de l'enfant, Henriette Aubert. Restée proche de son fils jusqu'à sa mort en 1880, elle a fortement influencé son oeuvre et sa vie quotidienne.
Au collège à Aix-en-Provence, il se lie d'amitié avec Jean-Baptistin Baille, et surtout Paul Cézanne qui reste son ami proche jusqu'en 1886. Ce dernier l'initie aux arts graphiques, et plus particulièrement à la peinture.
Dès sa prime jeunesse, Émile Zola est passionné par la littérature. Il accumule les lectures et conçoit très tôt le projet d'écrire à titre professionnel. Il considère dès son plus jeune âge l'écriture comme sa véritable vocation. En sixième, il rédige déjà un roman sur les croisades. Ses amis d'enfance Paul Cézanne et Jean-Baptistin Baille sont ses premiers lecteurs. Il leur affirme plusieurs fois, dans ses échanges épistolaires, qu'il sera un jour un écrivain reconnu. L'histoire lui rendra raison .
Émile Zola quitte Aix en 1858 et rejoint sa mère à Paris, pour y vivre dans des conditions matérielles et psychologiques misérables. Mais petit à petit, Zola se constitue un petit cercle d'amis, majoritairement aixois d'origine. Installé à Paris, il complète sa culture humaniste en lisant Molière, Montaigne et Shakespeare, mais pas encore Balzac qui ne l'inspirera que plus tardivement. Il est aussi influencé par des auteurs contemporains, comme Jules Michelet, source de ses inspirations scientifiques et médicales.
Émile Zola est recalé par deux fois au baccalauréat ès sciences en 1859. Ces échecs marquent profondément le jeune homme qui désespère d'avoir déçu sa mère. Il est aussi conscient d'aller au-devant de graves difficultés matérielles, sans diplôme et sans formation.
C'est une période où le jeune homme s'éveille à la vie sentimentale. Le premier amour de Zola s'appelle Berthe. Le jeune homme la surnomme lui-même « une fille à parties », une prostituée dont il s'est entiché pendant l'hiver 1860-1861. Il conçoit le projet de « la sortir du ruisseau », en essayant de lui redonner goût au travail, mais cet idéalisme se heurte aux dures réalités des bas quartiers parisiens. Il tire toutefois de cet échec la substance de son premier roman, Les confessions de Claude.
D'autres passions s'expriment à ce moment de sa vie. En effet, le monde de la peinture fascine Zola, très proche du mouvement impressionniste, avec des peintres qu'il a sans cesse défendus dans ses chroniques. Il gagne l'amitié d'Édouard Manet qui le représente plusieurs fois dans ses oeuvres ; grâce à lui, Zola fait la connaissance de Stéphane Mallarmé. Il est proche aussi de Camille Pissarro, Auguste Renoir, Alfred Sisley et Johan Barthold Jongkind. Paul Cézanne, son ami d'enfance, tient évidemment une place à part. Pendant des dizaines d'années, le peintre et l'écrivain se côtoient, échangent une correspondance riche et s'entraident même financièrement. Mais avec le temps, et surtout la publication de L'OEuvre, roman dans lequel l'artiste croit se reconnaître dans le personnage du peintre raté Claude Lantier, leur amitié s'éteint. Il adresse sa dernière lettre à l'écrivain en 1886, et ils ne se reverront jamais plus.
Ayant échoué au baccalauréat, Émile Zola affronte sans qualification le marché du travail et entre comme employé aux écritures aux Docks de la douane en avril 1860. Insatisfait, il démissionne au bout de deux mois et connaît une longue période sans emploi, difficile moralement et financièrement, jusqu'au moment où il parvient à entrer en contact avec Louis Hachette, qui l'embauche comme commis dans sa librairie le
mars 1862. Il est naturalisé français le 31 octobre 1862. Apprécié et multipliant les contacts avec le monde littéraire, il reste quatre ans au service de publicité chez Hachette où il occupe finalement un emploi équivalent à nos attachés de presse modernes.
À la librairie Hachette, l'idéologie positiviste et anticléricale le marque profondément et il y apprend toutes les techniques du livre et de sa commercialisation. Travaillant avec acharnement pendant ses loisirs, il parvient à faire publier ses premiers articles et son premier livre, édité par Hetzel : Les contes à Ninon.
À la fin de 1864, Zola fait la connaissance d'Éléonore-Alexandrine Meley, qui se fait appeler Gabrielle. Ce prénom aurait été celui de sa fille naturelle, qu'à dix-sept ans elle a été forcée d'abandonner à l'Assistance publique. Lourd secret qu'elle révéla certainement à Zola après leur mariage,. Née le 23 mars 1839 à Paris, Alexandrine est la fille d'une petite marchande de dix-sept ans et d'un ouvrier typographe, né à Rouen. L'écrivain consacre un portrait à sa nouvelle conquête, « L'amour sous les toits », dans Le Petit Journal,.
On ne connaît pas l'origine de cette liaison. Peut-être est-ce le fait du hasard, puisque Émile et Alexandrine habitaient tous deux les hauts de la montagne Sainte-Geneviève. Des rumeurs font état d'une liaison préalable avec Paul Cézanne et du fait qu'elle ait pu être modèle pour le groupe de peintres que Zola fréquente, ou encore d'une relation avec un étudiant en médecine. Mais aucune preuve ne justifie ces affirmations.
Dès 1863, Zola collabore épisodiquement, puis régulièrement à partir de 1866 aux rubriques de critique littéraire et artistique de différents journaux. Les quotidiens permettent au jeune homme de publier rapidement ses textes et ainsi, de démontrer ses qualités d'écrivain à un large public. C'est pour lui, « un levier puissant qui permet de faire connaître et d'augmenter rentes ».
Il bénéficie de l'essor formidable de la presse de la seconde moitié du XIXe siècle qui assure l'émergence immédiate de nouvelles plumes. À tous les apprentis romanciers lui demandant conseil, et jusqu'aux derniers jours de sa vie, l'écrivain propose de marcher sur ses pas, en écrivant d'abord dans les journaux.
Il fait ses débuts véritables dans des journaux du Nord de la France, opposants du second Empire. Zola met à profit sa connaissance des mondes littéraire et artistique pour rédiger des articles de critique, ce qui lui réussit. Dès 1866, à 26 ans, il tient les deux chroniques dans le journal L'Événement. À L'Illustration, il donne deux contes qui rencontrent un certain succès. Dès lors, ses contributions sont de plus en plus nombreuses : plusieurs centaines d'articles dans des revues et journaux très variés. On peut citer les principaux : L'Événement et L'Événement Illustré, La Cloche, Le Figaro, Le Voltaire, Le Sémaphore de Marseille et Le Bien public à Dijon.
Outre la critique (littéraire, artistique ou dramatique), Zola a publié dans la presse une centaine de contes et tous ses romans en feuilletons. Il pratiquait un journalisme polémique, dans lequel il affichait ses haines, mais aussi ses goûts, mettant en avant ses positions esthétiques, mais aussi politiques. Il maîtrise parfaitement ses interventions journalistiques, utilisant la presse comme un outil de promotion de son oeuvre littéraire. Pour ses premiers ouvrages, il a en effet rédigé des compte-rendus prêts à l'emploi qu'il a adressés personnellement à toute la critique littéraire parisienne, obtenant en retour de nombreux articles.
À partir de 1865, Zola quitte sa mère et emménage avec sa compagne dans le quartier des Batignolles, sur la rive droite, à proximité du faubourg Montmartre, le secteur où se situent les principaux organes de presse. Les réticences de Mme Zola mère retardent de cinq ans l'officialisation de cette liaison. C'est aussi une période de vaches maigres, pendant laquelle Alexandrine effectue de menus travaux afin que le couple puisse joindre les deux bouts.
C'est au travers de ses interventions dans la presse politique que l'engagement de Zola est le plus marquant. La libéralisation de la presse en 1868 lui permet de participer activement à son expansion. Par des amis de Manet, Zola entre au nouvel hebdomadaire républicain La Tribune, où il pratique ses talents de polémiste par l'écriture de fines satires anti-impériales. Mais c'est à La Cloche que ses attaques les plus acides contre le Second empire sont publiées. Thérèse Raquin n'a pas enthousiasmé Louis Ulbach, son directeur, mais il admire l'insolence du chroniqueur. Courageux, voire téméraire, Zola s'attaque avec dureté aux ténors de l'Assemblée comme de Broglie ou de Belcastel. Il vilipende une Chambre peureuse, réactionnaire, « admirablement manipulée par Thiers». Pendant un an, il produit plus de deux cent cinquante chroniques parlementaires. Elles lui permettent à la fois de se faire connaître du monde politique et d'y fonder de solides amitiés (et inimitiés). Il collectionne aussi une foule de détails pour ses romans à venir. Ces engagements sont quelque peu risqués pour l'écrivain. Il tombe deux fois sous le coup de la loi, et est mis en état d'arrestation en mars 1871. Mais ces arrêts n'ont pas de conséquences et il est chaque fois libéré le jour même.
Zola reste soigneusement à l'écart du monde politique, auprès duquel il sait s'engager, mais avec retenue, recul et froideur. L'action politique ne l'intéresse pas et il n'a jamais été candidat à aucune élection. Il se sait avant tout écrivain, tout en exprimant une attitude de réfractaire. Il agit donc en libre penseur et en moraliste indépendant, ce qui lui apporte une stature de libéral modéré. Il s'oppose radicalement à l'Ordre moral, notamment dans La Conquête de Plassans, interdit de vente dans les gares par la commission de colportage,, et par la publication de La Faute de l'abbé Mouret, une attaque en règle contre le dogme de la chasteté, renforcé alors par la mise en oeuvre du culte du mariage par l'Église. Il défend aussi activement les communards graciés par la loi d'amnistie, en évoquant les parias de la Révolution de 1848 dans Le Ventre de Paris et en soutenant notamment Jules Vallès afin qu'il puisse publier ses propres textes. Ce seront les derniers articles politiques de Zola, puisqu'il a entrepris le cycle des Rougon-Macquart qui va l'occuper pendant vingt-deux années.
Sur le plan personnel, son mariage avec Alexandrine est finalement célébré le 31 mai 1870 à la mairie du XVIIe arrondissement, à la veille du conflit franco-prussien. Alexandrine est un soutien indispensable dans les nombreux moments de doute de l'écrivain. Il lui en sera toujours reconnaissant.
L'écrivain n'a pas été mobilisé en 1870. Il aurait pu être intégré à la Garde nationale, mais sa myopie et son statut de soutien de famille (pour sa mère) l'en ont écarté. Il suit la chute du Second empire avec ironie, mais ne se trouve pas à Paris pendant la Semaine sanglante. On sait toutefois que sans soutenir l'esprit de la Commune, dont il relate modérément les évènements dans la presse, il ne s'est pas associé à Flaubert, Goncourt ou Daudet dans leur joie d'une violente répression. Au moment de l'avènement de la République, Zola a cherché à se faire nommer sous-préfet à Aix-en-Provence. Malgré un voyage à Bordeaux, lieu de refuge du gouvernement, c'est un échec. Zola n'est ni un homme d'intrigues, ni de réseaux.
Émile Zola est un homme éminemment social, multipliant les amitiés de tous ordres et tous milieux, tout en refusant les mondanités. Passionné par ses semblables, il privilégie cependant les amitiés artistiques et littéraires, et fuit les politiques. Dès 1868 et grâce à ses travaux journalistiques, il se lie avec les frères Goncourt, Edmond et Jules. Puis en 1871, il rencontre Gustave Flaubert. Celui-ci, à l'occasion de réunions dominicales, l'introduit auprès d'Alphonse Daudet et Ivan Tourgueniev. Toute sa vie, Zola gardera la nostalgie de ce « petit groupe » dans lequel de « trois à six, on entreprenait un galop à travers tous les sujets, où la littérature revenait chaque fois, le livre ou la pièce du moment, les questions générales, les théories les plus risquées. »
Zola se rapproche aussi de jeunes écrivains comme Guy de Maupassant, Paul Alexis, Joris-Karl Huysmans, Léon Hennique et Henri Céard qui deviennent les fidèles des soirées de Médan, près de Poissy, où il possède une petite maison de campagne, acquise en 1878. C'est le « groupe des six » à l'origine des Soirées de Médan parues en 1880. Le groupe lui offre le célèbre « dîner Trapp » le 16 avril 1877.
La puissance de travail du romancier a fini par porter ses fruits. Pendant cette période, Zola publie en effet un roman par an, de multiples collaborations journalistiques, ainsi que des pièces de théâtre et Les Nouveaux contes à Ninon. Connaissant depuis de longues années d'importantes difficultés sur le plan financier, sa situation a commencé à se stabiliser à partir de l'énorme succès constitué par la publication de L'Assommoir en 1877. Dès ce moment, ses revenus annuels oscillent entre quatre-vingt et cent-mille francs,. Zola n'est pas fortuné à proprement parler, puisqu'après avoir eu sa mère à charge et ses deux foyers, les baisses de ventes de ses romans consécutives à ses engagements politiques l'amènent une fois ou l'autre à la gêne financière. Mais celle-ci n'est le plus souvent que momentanée, et il sera à l'abri de toute difficulté jusqu'à sa mort. Ses romans publiés en feuilletons lui rapportent mille cinq-cents francs en moyenne et ses droits d'auteurs cinquante centimes par volume vendu. Il tire aussi des revenus conséquents de l'adaptation de ses romans au théâtre ainsi que de leurs nombreuses traductions. En quelques années, les revenus annuels de Zola augmentent rapidement au point d'atteindre des montants de l'ordre de cent cinquante mille francs autour de 1895,.
Observateur des hommes et des faits de son temps dans ses romans, Zola n'a cessé de s'engager dans des causes sociales, artistiques ou littéraires qui lui semblent justes, sans jamais faire de politique. Le personnel politique lui semble suspect et avant l'affaire Dreyfus, il n'aura pas d'amis dans ce monde. Républicain convaincu, il s'engage tôt dans un combat contre l'Empire. Les premiers romans du cycle des Rougon-Macquart ont ainsi une visée à la fois satirique et politique. Aussi la censure dont il est l'objet dès 1871 avec La Curée, au retour de la République, le déçoit profondément. Mais il reste fervent républicain, la république étant pour lui « le seul gouvernement juste et possible ».
Cette période, qui marque le début d'une certaine reconnaissance professionnelle, est assombrie par plusieurs évènements dans la vie d'Émile Zola. 1880 est à ce titre une année très difficile pour l'écrivain. Les décès d'Edmond Duranty, mais surtout de Gustave Flaubert terrassé par une attaque, atteignent profondément le romancier. Ces disparitions, qui se conjuguent avec la perte de sa mère à la fin de la même année, plongent durablement Zola dans la dépression. En 1881, parvenu à l'autonomie financière grâce à la publication régulière des Rougon-Macquart, il cesse son travail de journaliste. À cette occasion, il publie des « adieux » dans lesquels il dresse un bilan de quinze années de combat dans la presse. Il ne reprend la plume du journaliste, hormis quelques interventions çà et là, qu'à l'occasion de l'affaire Dreyfus en 1897, principalement au Figaro et à L'Aurore.
Un des atouts de Zola consiste en sa force de travail et sa régularité, résumées par sa devise qu'il a fait peindre sur la cheminée de son cabinet de travail à Médan : « Nulla dies sine linea ». Sa vie obéit pendant plus de trente ans à un emploi du temps très strict, bien que sa forme ait varié dans le temps, notamment à l'époque où il conjuguait le journalisme avec l'écriture de romans. En général, à Médan, après un lever à sept heures, une rapide collation et une promenade d'une demi-heure en bord de Seine avec son chien Pinpin, il enchaîne sa première séance de travail, qui s'étend sur environ quatre heures, et produit cinq pages. L'après-midi est consacré à la lecture et à la correspondance, laquelle tient une large place chez Zola. À la fin de sa vie, il modifie cet ordre immuable pour consacrer plus de temps à ses enfants, les après-midis, reportant une partie de ses activités en soirée et dans la nuit.
En 1888, alors que Zola s'interroge sur le sens de son existence à la veille de la cinquantaine, sa vie bascule brutalement. N'avait-il pas soufflé à Goncourt : « Ma femme n'est pas là ... Eh bien je ne vois pas passer une jeune fille comme celle-ci sans me dire : « Ça ne vaut-il pas mieux qu'un livre ? » »
Jeanne Rozerot, une jeune lingère de 21 ans, entre au service des Zola à Médan. Originaire du Morvan, orpheline de mère, elle est montée à Paris pour se placer. Elle accompagne les Zola à la fin de l'été, lors des vacances du couple à Royan. Le romancier en tombe immédiatement éperdument amoureux. Émile conçoit pour elle un amour d'autant plus fort qu'elle lui donne les deux enfants qu'il n'avait jamais pu avoir avec sa femme Alexandrine. Jeanne élève Denise, née en 1889 et Jacques, né en 1891, dans le culte de leur père. Pour autant, celui-ci n'abandonne pas la compagne de sa jeunesse. L'idylle est secrète pendant trois ans, seuls quelques très proches amis de l'écrivain étant au courant. Zola installe sa maîtresse dans un appartement parisien et lui loue une maison de villégiature à Verneuil, à quelques encablures de Médan, où il se rend à vélo.
Alexandrine Zola apprend l'infidélité de son époux vers le mois de novembre 1891, et l'existence des deux enfants, par le biais probable d'une lettre anonyme. La crise est grave pour le couple qui passe au bord du divorce. Mais c'est un soulagement pour le romancier, après trois ans de secrets et de mensonges. Contre l'assurance que son mari ne l'abandonnera pas, Alexandrine se résigne à cette situation. Elle s'occupe même des enfants, leur offrant des présents, les promenant de temps à autre, reportant sur eux un amour maternel dont elle a été privée. Après la mort de l'écrivain, elle fera reconnaître les deux enfants afin qu'ils puissent porter le nom de leur père.
Zola essaye ainsi, tant bien que mal, d'organiser sa double vie en partageant son temps entre Alexandrine et Jeanne. En juillet 1894, il écrit : « Je ne suis pas heureux. Ce partage, cette vie double que je suis forcé de vivre finissent par me désespérer. J'avais fait le rêve de rendre tout le monde heureux autour de moi, mais je vois bien que cela est impossible. »
Déjà en son temps, l'immense succès de Thérèse Raquin avait agacé Daudet et les Goncourt. Avec la réussite, et surtout les scandales, d'autres grandes amitiés de l'écrivain se distendent. Des campagnes de presse sont lancées contre Zola, notamment avec un pamphlet publié dans Le Figaro en 1887 : le Manifeste des cinq. Cinq romanciers d'inspiration naturaliste et proches de Daudet et Goncourt, opèrent une attaque en règle contre l'écrivain et La Terre, son nouveau roman en cours de parution dans la presse. Ils lui reprochent violemment ses faiblesses documentaires, « la niaiserie de ses leçons d'hérédité », « le superficiel dans l'observation », « le discours décadent », en affirmant que « le maître est descendu au fond de l'immondice » ! Zola décide de ne pas répondre mais la presse se fait globalement le défenseur de l'écrivain. Les relations entre Zola, Goncourt et Daudet se refroidissent dès lors,.
Avec le succès viennent les honneurs. Zola a accepté la croix de la Légion d'honneur à condition d'être dispensé de la demande écrite officielle. Après de nombreuses tergiversations, liées à des articles sévères du romancier sur ses confrères écrivains dans la presse en 1878, Édouard Lockroy lui accorde la rosette. L'écrivain est donc fait chevalier de la Légion d'honneur le 13 juillet 1888, au grand dam encore une fois des Goncourt et d'Alphonse Daudet, mais aussi de ses proches, voire de son ami Paul Alexis. Octave Mirbeau intitule même un article sur Zola à la une du Figaro : « La fin d'un homme ». Le 13 juillet 1893, Raymond Poincaré le fait officier de la Légion d'honneur. Mais, en raison de sa condamnation consécutive à « J'Accuse...! », Zola est suspendu de l'ordre de la Légion d'honneur le 26 juillet 1898 et ne sera jamais réintégré.
Par ailleurs, il est présenté à la Société des gens de lettres par Alphonse Daudet en 1891, et accueilli en son sein « exceptionnellement par acclamation et à main levée à l'unanimité. » Il est élu au comité, puis élu et réélu président de l'association de 1891 à 1900. Il exerce très sérieusement ses fonctions : il intervient dans la presse pour présenter son organisation et ses valeurs, il fait reconnaître la société comme établissement d'utilité publique, le droit de la propriété littéraire et la défense des auteurs en France progressent sous son autorité, des conventions avec des pays étrangers, comme la Russie, sont signées.
Le romancier intervient dans l'affaire Dreyfus à la fin de l'année 1897. Les campagnes de haine antisémite incitent Émile Zola à s'engager en faveur des juifs. Son premier article est publié dès le lendemain dans Le Figaro. Il est suivi de Le Syndicat le 1er décembre et de Procès-verbal le 5 décembre. Il le conclut par la phrase prophétique, restée célèbre : « La vérité est en marche et rien ne l'arrêtera ». Le véritable traître en lieu et place d'Alfred Dreyfus, le commandant Walsin Esterházy, est dénoncé puis jugé par un Conseil de guerre à Paris le 10 janvier 1898. Il est acquitté le lendemain. Après la condamnation d'un innocent, c'est l'acquittement du coupable, ce qui amène Zola à la réaction. Elle fut extrêmement énergique.
Émile Zola avait préparé depuis plusieurs semaines un résumé de l'affaire Dreyfus. Le Figaro ayant refusé ses derniers articles afin de conserver son lectorat le plus conservateur, l'écrivain se tourne vers L'Aurore. Il termine la rédaction de l'article dans les quarante-huit heures suivant le verdict. Initialement nommé « Lettre à M. Félix Faure, Président de la République », Ernest Vaughan (le directeur de L'Aurore) et Clemenceau lui trouvent un autre titre, plus ramassé et percutant : « J'Accuse...! » Le numéro du jeudi 13 janvier 1898 de L'Aurore décuple son tirage. Les trois cent mille exemplaires s'arrachent en quelques heures. Cet article est un brûlot, mais aussi la première synthèse de l'affaire Dreyfus, que le public découvre enfin dans sa globalité. Le retentissement de l'article est considérable en France comme dans le monde. Zola s'expose personnellement à des poursuites judiciaires afin de relancer le débat et de ramener l'affaire au sein d'une enceinte judiciaire civile. La réaction du gouvernement ne se fait pas attendre, en assignant Émile Zola pour diffamation.
Le ministre ne retient que trois passages de l'article,, soit dix-huit lignes sur plusieurs centaines. Le procès s'ouvre dans une ambiance de grande violence. Fernand Labori, l'avocat de Zola, fait citer environ deux cents témoins. Ce procès est le lieu d'une véritable bataille juridique, dans laquelle les droits de la défense sont sans cesse bafoués. De nombreux observateurs prennent conscience de la collusion entre le monde politique et les militaires. À l'évidence, la Cour a reçu des instructions pour que la substance même de l'erreur judiciaire ne soit pas évoquée. La phrase du président Delegorgue « la question ne sera pas posée », répétée des dizaines de fois, devient célèbre. Toutefois, l'habileté de Fernand Labori permet l'exposition de nombreuses irrégularités et incohérences, et force les militaires à en dire plus qu'ils ne l'auraient souhaité.
Zola est condamné à un an de prison et à 3 000 francs d'amende, la peine maximale (soit, avec les frais, 7555,25 francs, qu'Octave Mirbeau paie de sa poche le 8 août 1898).
Le 2 avril, une demande de pourvoi en cassation reçoit une réponse favorable. L'affaire est déférée devant les assises de Seine-et-Oise à Versailles. Le 23 mai 1898, dès la première audience, Me Labori se pourvoit en cassation en raison du changement de juridiction.
Le procès est ajourné et les débats sont repoussés au 18 juillet. Labori conseille à Zola de quitter la France pour l'Angleterre avant la fin du procès, ce que fait l'écrivain. Les accusés sont de nouveau condamnés.
On fait donc partir Zola immédiatement au soir du verdict, avant que celui-ci ne lui soit officiellement signifié et ne devienne exécutoire. À l'image de ceux d'Hugo, Voltaire ou Vallès, cet exil déclenche un important mouvement d'opinion. C'est donc le 18 juillet 1898, que seul, Zola prend le train de 21h00 pour Calais, sans aucun bagage. Zola vit reclus à Londres, dans le secret, dans une solitude entrecoupée des visites de ses amis et sa famille proche. Le suicide du lieutenant-colonel Henry, en août 1898, lui redonne l'espoir d'achever rapidement cet exil. Espoir vain, du fait des lenteurs de la justice. La procédure connaît de nombreux épisodes et s'étend sur tout le premier semestre 1899. La décision, positive, est rendue le 3 juin, et, le lendemain, l'écrivain rentre à Paris au terme de onze mois d'exil, avec Fécondité, son dernier roman achevé le 28 mai précédent.
Le jugement de 1894 est finalement cassé, le capitaine Dreyfus étant renvoyé devant un nouveau Conseil de guerre à Rennes. La première action de Zola est d'écrire à Alfred Dreyfus, un peu après le retour de celui-ci en France métropolitaine, le 30 juin 1899.
Dans une lettre de quatre pages, il s'explique sur son léger retard :
Entre-temps, l'écrivain a pris sa décision. Afin de ne pas hypothéquer les chances de succès au Conseil de guerre de Rennes, Zola n'interviendra pas publiquement. Le procès s'ouvre le 7 août 1899 dans la salle des fêtes du lycée de Rennes. Fernand Labori, l'un des avocats de Dreyfus, est l'objet d'une tentative d'assassinat à Rennes, qui l'écarte des débats pendant près d'une semaine. Zola lui apporte plusieurs témoignages d'affection, Labori ayant été son défenseur aux assises. Un verdict de culpabilité, avec circonstances atténuantes, est rendu le 9 septembre. Nouvelle iniquité.
Dans L'Aurore du 12 septembre, Zola explose :
Le gouvernement décide finalement de gracier Dreyfus, du fait de son état de santé. Le dernier combat de Zola en faveur d'Alfred Dreyfus sera de contester la loi d'amnistie prévue par la Chambre des députés afin d'absoudre l'ensemble des acteurs de l'Affaire.
Les conséquences de l'engagement de Zola ont été à la fois positives et négatives pour l'écrivain. Il apparaît évident que « J'Accuse...! » a totalement relancé l'Affaire, et lui a donné une dimension sociale et politique qu'elle n'avait pas jusqu'alors. Zola sort donc de ses démêlés judiciaires avec une stature du justicier pour toute une frange de la population, de défenseur des valeurs de tolérance, justice et vérité. Mais cet engagement coûte très cher au romancier. Sur le plan financier, tout d'abord, la justice fait saisir ses biens et les revend aux enchères. Alors que le dreyfusisme s'exposait sous un jour immatériel pour les nationalistes anti-dreyfusards, ceux-ci trouvent en Zola leur tête de turc. Il concentre dès lors toutes les attaques et incarne à lui seul le traître à la patrie et à l'armée. C'est ainsi que dès 1898, l'écrivain est l'objet d'un torrent d'articles satiriques, de caricatures, de chansons et de livrets le traînant dans la boue, l'insultant, le diffamant. Dans certains journaux, il est même l'objet d'attaques quotidiennes. Jamais Zola n'a regretté son engagement, quel qu'en ait été le prix. Il a écrit dans ses notes : « Ma lettre ouverte est sortie comme un cri. Tout a été calculé par moi, je m'étais fait donner le texte de la loi, je savais ce que je risquais ».
Malgré la nouvelle condamnation d'Alfred Dreyfus, qui l'affecte profondément, l'écrivain se consacre toujours à l'écriture. Il entame la création d'un nouveau cycle, Les quatre évangiles, dont le premier volume, Fécondité est publié en 1899. Travail suit en 1901 au moment même où disparaît son ami de toujours, Paul Alexis. Vérité paraît à titre posthume. Et Justice ne paraîtra jamais, l'ouvrage étant resté à l'état d'ébauche au moment de la mort de l'écrivain.
L'autre occupation de Zola à l'automne de sa vie, c'est la photographie. Il est fasciné par l'exposition universelle de 1900, qu'il photographie sous toutes les coutures, laissant un impressionnant reportage photographique pour l'histoire.
Émile Zola a livré un unique combat pour les honneurs, celui qu'il a mené afin d'intégrer l'Académie française. Jeune, il l'avait qualifiée de « serre d'hivernage pour les médiocrités qui craignent la gelée ». Vingt ans plus tard, il pose sa première candidature. Il affirme après son premier échec en 1890, « qu'il reste candidat et sera candidat toujours ». Jusqu'à sa dernière candidature le 23 août 1897, qui échoue en 1898, l'écrivain brigue dix-neuf fois le fauteuil d'Immortel. Le 28 mai 1896, il obtient son record de voix avec seize suffrages alors que la majorité est fixée à dix-sept voix. Comprenant que son engagement dans l'affaire Dreyfus lui ferme définitivement les portes de l'Académie française, il renonce ensuite à se présenter.
Le 29 septembre 1902, de retour de Médan où il avait passé l'été, Émile Zola et son épouse Alexandrine sont intoxiqués dans la nuit, par la combustion lente résiduelle d'un feu couvert, produite par la cheminée de leur chambre dans leur appartement de la rue de Bruxelles (Paris 9e). Lorsque les médecins arrivent sur place, il n'y a plus rien à faire. Émile Zola décède officiellement à 10h du matin. En revanche, son épouse survit. Cette mort serait accidentelle, mais étant donné le nombre d'ennemis qu'avait pu se faire Zola (notamment chez les anti-dreyfusards), la thèse de l'assassinat ou de la « malveillance ayant mal tourné » n'a jamais été totalement écartée. Après sa mort, une enquête de police est réalisée mais n'aboutit à aucune conclusion probante.
Le retentissement de la mort d'Émile Zola est immense. La presse se fait l'écho de l'émotion qui gagne la population entière. La presse nationaliste et antisémite exulte. L'émotion gagne l'étranger où de nombreuses cérémonies ont lieu en mémoire de l'écrivain français, et les presses germaniques, britanniques, américaines s'en font largement l'écho. L'hommage est international. Lors des obsèques, Anatole France, qui avait insisté pour évoquer toutes les facettes de l'écrivain, y compris ses combats pour la justice, déclare : « Il fut un moment de la conscience humaine ».
Les cendres de Zola sont transférées au Panthéon de Paris le 4 juin 1908. À la fin de la cérémonie au Panthéon, un journaliste anti-dreyfusard, Louis Grégori, ouvre le feu avec un révolver sur Alfred Dreyfus, qui n'est que légèrement blessé au bras.
Depuis 1985, la maison de Médan est devenue un musée. Tous les premiers dimanche d'octobre, un pèlerinage est organisé par la Société littéraire des amis d'Émile Zola.