Eric Khoo s'intéresse très tôt au cinéma et tourne dès l'âge de huit ans des petits films avec la caméra super 8 de sa mère. Cette passion le conduit à s'inscrire au City Art Institute à Sydney, en Australie. Il est marqué par les Western spaghetti,
Taxi Driver, Aki Kaurismäki, Krzysztof Kieslowski, Shinya Tsukamoto,
Steven Spielberg.
De retour à Singapour, il réalise en 1990 le court-métrage Barbie Digs Joe qui devient le premier film de Singapour à être présenté dans les festivals internationaux. Il poursuit avec August qui gagne le prix du meilleur court métrage au festival international de Singapour puis avec Carcass et Symphony 92.4. Mais ce n'est qu'avec Pain qu'il connaît véritablement le succès. Il réalise enfin le drame psychologique Mee Pok Man en 1995 et 12 Storeys qui lui permettent de s'imposer comme l'un des réalisateurs asiatiques les plus prometteurs. Il revient en 2005 avec
Be with me, très remarqué dans sa projection au Festival de Cannes dans le cadre de la Quinzaine des réalisateurs.
Khoo a également produit de nombreux clips musicaux et publicités pour la télévision.