Né d?un père ouvrier d?usine et d?une mère institutrice, il mène sa première activité militante au sein de la Résistance en 1943, alors qu?il est âgé de 15 ans, ce qui lui vaut plusieurs décorations. Il est décoré de la Croix de guerre à 16 ans, responsable du groupe « jeunes » du clan René Madec, cité à l?Ordre de la Nation par le général
Charles de Gaulle pour faits de Résistance (1944).
Après des études secondaires au lycée de Quimper, il est diplômé de l?Institut des hautes études cinématographiques (IDHEC) en 1948, section réalisation.
En 1950, il réalise son premier film, Afrique 50, qui était une simple commande de la Ligue de l'enseignement destinée à mettre en valeur la mission éducative de la France dans ses colonies. Sur place, il décide de témoigner d'une réalité non commandée, le film sera interdit pendant plus de quarante ans. Ce sera le premier film anticolonialiste français, chef-d??uvre du cinéma engagé, qui lui vaudra 13 inculpations et une condamnation de prison, son co-inculpé est Félix Houphouët-Boigny. Il s'agit une condamnation en violation du décret Pierre Laval (Ministre des colonies) de 1934 et Vautier est mis en prison militaire à Saint-Maixent, puis à Niederlahnstein en zone française d?occupation en Allemagne. Il sort en juin 1952.
Afrique 50 reçoit la médaille d?or au festival de Varsovie. Engagé en Afrique sur divers tournages, il rejoint le maquis des indépendantistes du FLN. Directeur du Centre Audiovisuel d?Alger (de 1962 à 1965), il y est aussi secrétaire général des Cinémas Populaires.
De retour en France, il fonde en 1970 l'Unité de Production Cinématographique Bretagne (UPCB) dans la perspective de « filmer au pays ». En janvier 1973, il commence une grève de la faim, exigeant « la suppression de la possibilité, pour la commission de censure cinématographique, de censurer des films sans fournir de raisons ; et l?interdiction, pour cette commission, de demander coupes ou refus de visa pour des critères politiques ». René Vautier aura raison de la commission. Il sera soutenu par
Claude Sautet,
Alain Resnais et
Robert Enrico. Au terme de cette grève, la loi sera modifiée. En 1974 il reçoit un hommage spécial du jury du Film antiraciste pour l?ensemble de son ?uvre. Il fonde en 1984 une société de production indépendante: « Images sans chaînes ».
Il s'est toujours efforcé de mettre « l'image et le son à disposition de ceux à qui les pouvoirs établis les refusent », pour montrer « ce que sont les gens et ce qu'ils souhaitent ». Comme
Jean-Luc Godard, qu?il a croisé lors de la constitution des Groupes Medvedkine en 1968, le seul collectif cinéastes-ouvriers de l?histoire du cinéma, René Vautier est un des très rares cinéastes à développer une théorie en acte de l?image.
Il a reçu en 1998 le Grand Prix de la Société Civile des Auteurs Multimédias pour l?ensemble de son ?uvre.
Tout en ayant combattu Jean-Marie Le Pen, il a, comme l'Abbé Pierre, néanmoins soutenu Roger Garaudy lors de son procès pour négationnisme. En fait, le cinéaste tout en témoignant de son amitié et son admiration pour l'homme, avait clairement marqué qu'il ne partageait pas les thèses négationnistes qui étaient reprochées à celui-ci .
Il est décoré de l'ordre de l'Hermine.
Il a posé ses valises à Cancale et a en préparation un film sur la censure, monté par sa femme Soazig Chappedelaine, elle-même cinéaste.