Formé à la Royal Academy of Dramatic Art, Ben Whishaw en est sorti diplômé au printemps 2003. En 1999, avant d'y entrer, il a tenu des rôles secondaires dans deux films, La Tranchée de
William Boyd et
Mauvaise Passe de
Michel Blanc. Il a tenu par ailleurs le rôle titre de My Brother Tom, de Dom Rotheroe.
Son diplôme obtenu, il a joué dans Enduring Love, adaptation du roman de Ian McEwan réalisée par
Roger Michell. En 2003, il a joué dans la comédie dramatique télévisée The Brooze Cruise. Il a ensuite fait ses débuts dans le West End au National Theatre, dans l'adaptation de His Dark Materials de Phillip Pullman. Il a depuis joué Hamlet dans la version revisitée de la pièce par Trevor Nunn à l'Old Vic et a été très applaudi pour cette prestation.
Parallèlement à ses rôles au cinéma, Ben Whishaw continue à tourner Box of Slice, une nouvelle série de Chris Morris.
En 2006, il est à l'affiche du film Le Parfum, histoire d'un meurtrier, adaptation du roman de Patrick Süskind. Ce rôle lui vaut une reconnaissance internationale. Il joue par la suite dans le biopic sur
Bob Dylan, I'm not there, réalisé par
Todd Haynes.
En 2009, il incarne le poète anglais John Keats dans
Bright Star de
Jane Campion.