Ancien élève de l'École normale supérieure, agrégé de philosophie et docteur en philosophie, Emmanuel Bourdieu a été assistant et chargé de cours de philosophie à l'Université Bordeaux III, et assistant en linguistique à l'Université Paris VII. Il a participé au colloque de Cerisy sur « La philosophie américaine ».
Lors de ses études, il rencontre
Jeanne Balibar et
Arnaud Desplechin, avec qui, complété de
Mathieu Amalric,
Emmanuelle Devos,
Denis et Bruno Podalydès, il crée le groupe de jeunes cinéastes intellectuels Rive gauche.
Emmanuel Bourdieu commence sa carrière de scénariste au théâtre avec la pièce Tout mon possible et Je crois, montées en 1998 par
Denis Podalydès. Il écrit ensuite pour le cinéma, avec Arnaud Desplechin (
Comment je me suis disputé... (ma vie sexuelle)),
Esther Kahn, Un conte de Noël),
Nicole Garcia ( Place Vendôme) et
Catherine Corsini (La Nouvelle Ève).
Il passe à la réalisation en 1998 avec un court-métrage intitulé Venise, puis Candidature pour lequel il obtient le Prix Jean-Vigo (2001) et le César du cinéma du meilleur court-métrage (2003).
Dans son premier long-métrage, simultanément sorti au cinéma sous le titre
Vert paradis et diffusé sur Arte comme Les Cadets de Gascogne, il se base sur le travail sociologique de son père, Le Bal des célibataires : Crise de la société paysanne en Béarn. En 2006, Les Amitiés maléfiques reçoit le grand prix de la Critique au Festival de Cannes.