Alors qu'il n'a que 4 ans, ses parents divorcent et sa mère se remarie en 1967 avec un musicien new-yorkais de jazz, Urban Walter Jr, "alcoolique, junkie et très violent" selon les dires de Flea aujourd'hui. Ce Jazzman initiera Flea à la musique : en effet, dès lors, celle-ci va prendre une place de la première importance dans la vie du jeune Michael.
La même année durant laquelle sa mère rencontre le jazzman, il déménage avec ses parents et sa soeur à New York. Selon lui, la première chose dont il se souvient est la cabine du bateau en provenance de Melbourne qu'il s'est pris sur la figure, lorsqu'il voulait admirer la Statue de la Liberté. C'est à partir de ce moment-là que Michael, sous l'influence de son beau-père, s'initie au Jazz et à la Soul Music. En effet, la petite famille Balzary emménage dans une grande maison et au fur et à mesure des jours, de nombreux musiciens amis de Walter sont invités pour des jams sessions. C'est ainsi qu'en assistant à ces concerts improvisés des grands noms du Jazz chez lui, Michael décide de faire lui aussi de la musique. Il s'essaie d'abord à la batterie, puis commence à jouer de la trompette à l'âge de 10 ans, sur un conseil de Urban.Dès lors, il commence à écouter les maîtres du Jazz : Miles Davis, Charlie Mingus,
Louis Armstrong, ... Mais aujourd'hui, Flea garde un souvenir de cette période entaché par des bêtises qu'il a pu faire à cette époque, à 9-10 ans : petits cambriolages pour gangs du Bronx, vols de pièces de voitures, deal de drogues... Mais un des moments les plus inoubliables de cette période demeure sa rencontre en 1973 avec son idole Dizzy Gillespie en backstage après un concert, et ceci grâce à sa mère : pendant un quart d'heure, le jeune trompettiste put témoigner de son amour pour le jazz, la musique et pour le personnage lui-même qui fut d'ailleurs très touché. Ils trouvèrent même le temps d'échanger quelques notes à la trompette par la suite. Mais en raison des tournées de Walter à travers les USA, la famille Balzary déménage à Los Angeles en 1973.Âgé de 11 ans est inscrit à la Bancroft Junior School et il se souvient : «Je suis arrivé d'Australie en 1972 et depuis lors Los Angeles s'est convertie en une cochonnerie, dans tous les sens du terme.»
Dans l'émission Behind The Music sur VH1, il a confessé qu'au début il ne s'intéressait pas au rock & roll' et voulait devenir musicien de jazz comme son beau-père mais a changé d'avis après avoir découvert la musique de Kiss,
Jimi Hendrix et Led Zeppelin par l'intermédiaire d'Hillel Slovak, futur membre des Red Hot Chili Peppers.Il devient rapidement grâce à de nombreuses heures de travail consacrées à la trompette quotidiennement l'élève préféré de ses professeurs de musique. Ces derniers le considèrent même comme le meilleur trompettiste qu'il aient eu depuis que Harv Helbert ait fréquenté l'établissement quelques années plus tôt.
Il rencontre Anthony Kiedis, également co-fondateur du groupe, alors qu'il fréquente le lycée Fairfax, et commence à jouer de la basse à l'âge de 17 ans pour remplacer le bassiste du groupe Anthym fondé par ses amis Hillel Slovak, Jack Irons et Alain Johannes. En 1981, il quitte ce groupe à la recherche de nouvelles expériences musicales. Il rejoint ensuite le groupe Fear, groupe de punk de Los Angeles. En 1983, lui, Kiedis, Slovak et Irons forment le groupe Red Hot Chili Peppers. À l'époque, il refuse une offre de son idole
Johnny Rotten des Sex Pistols qui lui propose de le rejoindre dans son nouveau groupe Public Image Limited, pour pouvoir rester avec ses amis des Red Hot.
Il continue de jouer de la trompette occasionnellement, comme par exemple sur la chanson "Sidemouse Advice" présente sur l'album Ball Hog or Tug Boat ? de Mike Watt ou lors d'une performance live de Smells Like Teen Spirit du groupe Nirvana, le 23 janvier 1993, lors du Hollywood Rock'93, un festival de musique au Brésil . Sur les chansons Subway To Venus, Pretty Little Dirty et Taste the Pain de l'album Mother's Milk , Apache Rose Peacock de l'album Blood Sugar Sex Magik, Tear de l'album By the Way, Hump de Bump et Torture Me de l'album Stadium Arcadium, on peut entendre Flea jouer de la trompette, dernièrement il en joue également lors des performances live des Red Hot. Flea participe en 1999 à l'album Wandering Spirit de
Mick Jagger en interprétant à la basse les titres Out of Focus, Use Me (sur lequel chante également Lenny Kravitz) et I've been Lonely for so long Il a également joué de la basse sur l'album De-loused in the Comatorium de The Mars Volta et de la trompette sur leur deuxième album, Frances the Mute. En juillet 2009, Flea a été invité par Slash à jouer sur son album solo, Slash, sorti en avril 2010. Flea joue sur le morceau "Baby Can't Drive" interprété par Alice Cooper et Nicole Scherzinger.
Fin 2009 il intègre le groupe Atoms for Peace qui s'articule autour de Thom Yorke (Radiohead), en compagnie de Nigel Godrich, Joey Waronker et Mauro Refosco. Cette formation est créé a la base pour jouer sur scène l'album solo de Yorke The Eraser, mais a également composée quelques morceaux.
Flea a également lancé en 2009 sa propre marque de basse 'Fleabass' disponible en 4 coloris, en version adulte ou junior.
Le style de Flea est fortement influencé par Bootsy Collins, la musique funk et l'énergie des premiers groupes de punk comme Black Flag ou encore Bad Brains.