Casey fait ses débuts au cinéma à 12 ans dans un téléfilm nommé Lemon Sky où il interprète le frère cadet de Kevin Bacon. Après ses études secondaires, il gagne la Californie, et poursuit en parallèle sa carrière d'acteur ainsi qu'une formation universitaire de physique à la Columbia University.
Découvert dans Prête à tout, où il interprète l'un des trois cancres recrutés par Nicole Kidman pour assassiner Matt Dillon, Casey Affleck collabore à de nombreuses reprises auprès de Gus Van Sant. Il le retrouve ainsi sur le tournage de Will Hunting, d'après un scénario écrit par son frère et son ami, Matt Damon. En 2001, il assiste le réalisateur sur le tournage d'À la rencontre de Forrester jusqu'à ce que cette association atteigne son paroxysme dans l'épuré
Gerry, sur lequel il est à la fois scénariste, monteur et producteur.
Il incarne le personnage de Fortinbras une adaptation quelconque d'Hamlet, et un paumé amoureux de Liv Tyler dans Lonesome Jim.
Il tourne régulièrement avec les membres de son « clan », comme dans la comédie Méprise multiple (Kevin Smith) aux côtés de son frère aîné
Ben, ou dans Gone Baby Gone, réalisé par Ben, qui lui confie le rôle principal de ce polar psychologique « bostonien » (Boston est la ville de leur jeunesse).
Malgré tout, l'acteur n'est pas non plus absent des grosses productions hollywoodiennes. On l'aperçoit ainsi dans le cycle American Pie aux côtés de Jason Biggs.
Steven Soderbergh le choisit pour incarner l'un des braqueurs de l'aventure Ocean's eleven, qui se poursuivra jusqu'à Ocean's 13. En 2007, il retrouve Brad Pitt dans le western crépusculaire L'assassinat de Jesse James par le lâche Robert Ford, dans lequel il essaie de l'éliminer. Ce rôle lui fera valoir une nomination aux Oscars dans la catégorie du meilleur second rôle.
En 2010, il incarne le personnage principal - celui d'un adjoint du shérif et tueur à la chaîne - dans le thriller controversé The Killer Inside Me, de Michael Winterbottom.
Il réalise son premier film en 2010, I'm Still Here, un faux documentaire suivant son ami et beau-frère Joaquin Phoenix dans sa quête de devenir rappeur.
Casey Affleck s'est marié le 3 juin 2006 à Summer Phoenix avec laquelle il entretenait une relation depuis 2000. C'est Joaquin Phoenix, le frère de Summer, qui les avait présentés l'un à l'autre.
Le couple a eu deux fils : Indiana August, né le 31 mai 2004 et Atticus, né le 12 janvier 2008. Le prénom de leur premier fils, Indiana, lui fut donné en hommage au second frère de Summer, River Phoenix, décédé d'une overdose en 1993 qui avait interprété le personnage d'Indiana Jones jeune dans le film Indiana Jones et la dernière Croisade.
Casey Affleck est un des portes-paroles de l'association PETA (People for the Ethical Treatment of Animals) pour le végétarisme, étant lui-même végétalien.