Danny Boyle est né le 20 octobre 1956 à Radcliffe. Sa famille est issue de la classe ouvrière catholique irlandaise. Sa mère venait du comté de Galway, en Irlande, et son père est né en Angleterre dans un famille catholique. Il a étudié au Thornleigh Salesian College, à Bolton.
Danny Boyle débute dans le théâtre, à la Join Stock Theatre Company, jusqu'en 1982. Il devient ensuite directeur adjoint à la Royal Court Theatre Company en 1985. Il est déjà récompensé par de multiples prix.
Il fait ensuite la connaissance de John Hodge, un scénariste, sur le tournage de séries pour la BBC World. Venant d'une banlieue où le taux de chômage était très élevé, il décide de faire son premier film en compagnie de ses deux acolytes, John Hodge et Andrew MacDonald. Ce long métrage, Petits meurtres entre amis, en 1994, est en fait le premier d'une trilogie, Bag of Money Trilogy, qui traite du manque d'argent. La trilogie se poursuit avec
Trainspotting en 1996, qui rencontre un énorme succès commercial (70 millions de dollars), et un énorme succès chez le public, à la suite de sa présentation au Festival de Cannes. Le dernier film de cette trilogie est Une vie moins ordinaire. Dans chaque film, on retrouve Ewan McGregor.
Danny Boyle tourne ensuite quelques courts métrages, puis on le remarque de nouveau à la tête d'une superproduction avec La Plage. Il bénéficie d'un budget de 35 millions de dollars et de la présence d'une grande vedette internationale, Leonardo DiCaprio, mais le succès n'est pas aussi important qu'espéré. Il n'en reste pas là, et en 2001, il réalise
28 Jours plus tard, un thriller fantastique traitant d'une pandémie mettant toute l'Angleterre en quarantaine. Puis il enchaîne avec
Millions en 2004. En avril 2007, Danny Boyle sort
Sunshine, où l'on retrouve Cillian Murphy, déjà aperçu dans 28 Jours plus tard. Ce film de science-fiction envoie le nouveau héros du réalisateur anglais dans les étoiles afin de savoir ce qu'il est advenu de l'équipe spatiale en charge de « rallumer » le soleil. Le film adopte une atmosphère pesante, propre au style de Danny Boyle.
En 2007, sort Slumdog Millionaire, dont l'histoire se passe en Inde à Mumbai (Bombay). À la cérémonie des Oscars de 2009, ce film est récompensé de huit oscars, dont ceux de meilleur film et de meilleur réalisateur.
L'organisation de la cérémonie d'ouverture des Jeux olympiques d'été de 2012 à Londres lui a été confiée.