Né à Munich en 1942, il passe sa petite enfance dans un petit village bavarois, et son adolescence à Munich. Il poursuit des études littéraires. En 1963, il crée sa maison de production : la Werner Herzog Filmproduktion. Il commence à réaliser ses premiers courts métrages. En 1968, il réalise son premier long métrage :
Signes de vie (Lebenszeichen) qui remporte l'Ours d'argent au Festival de Berlin. Ses trois films suivants (Les nains aussi ont commencé petits,
Fata Morgana et Aguirre, la colère de Dieu) sont présentés à la quinzaine des réalisateurs au Festival de Cannes. Il gagne ainsi la reconnaissance internationale en tant que représentant du Nouveau Cinéma allemand.
Les tournages de Werner Herzog sont souvent de véritables aventures. Ce fut le cas pour son célèbre film Aguirre, la colère de Dieu, autant à cause des colères spectaculaires de Klaus Kinski que d'une nature dangereuse (notamment lorsque l'équipe tournait au beau milieu des rapides) puisque le film est tourné dans la forêt amazonienne. Dans un autre style, Werner Herzog aurait hypnotisé les acteurs de son mystérieux film Coeur de verre.
A l'image de ses tournages, Werner Herzog aime les personnages et les acteurs excessifs, marginaux. Il y a bien sûr Klaus Kinski, hallucinant dans son rôle de mégalomane illuminé d'Aguirre, ou dans celui du vampire Nosferatu auquel il parvient à donner une troublante humanité. Il a fait de
Klaus Kinski son acteur fétiche malgré leurs rapports très particuliers, ce qu'il relate dans son documentaire Ennemis intimes. Mais Werner Herzog affectionne aussi l'acteur anonyme Bruno S., qui a passé les trente premières années de sa vie entre les hôpitaux psychiatriques et la prison. L'identification sera parfaite pour son rôle de Kaspar Hauser dans L'Énigme de Kaspar Hauser, où il joue un personnage qui a réellement existé, enfermé dans une cave les dix-sept premières années de sa vie, totalement coupé du reste du monde. On peut aussi le voir dans
La Ballade de Bruno.
En 1979, il réalise Nosferatu, fantôme de la nuit (Nosferatu: Phantom der Nacht) qui est le remake du
Nosferatu de
Friedrich Wilhelm Murnau.
Plastiquement, l'oeuvre de Werner Herzog est proche du romantisme de Caspar David Friedrich, de l'expressionnisme allemand et du Land Art.
Un nouveau film ayant comme sujet la grotte Chauvet (Ardèche) est en tournage actuellement. Il s'agit d'un documentaire sur la plus ancienne grotte ornée du monde (32 000 avant Jésus-Christ).http://fr.wikipedia.org/wiki/Grotte_Chauvet