Neuf ans se sont écoulés depuis que Rick O'Connell et Evelyn ont fait la terrible rencontre avec Imhotep, la momie ressuscitée. Ils mènent leur vie dans un manoir à Londres avec Alex, leur fils âgé de 8 ans, lui aussi fasciné par l'Égypte ancienne et qui participe activement à la vie archéologique de ses parents.Ils vont en Egypte, où ils trouvent le bracelet du roi scorpion qu'ils raménent chez eux. Mais Alex veut l'essayer, et le bracelet s'accroche à son bras.
Mais une nouvelle tempête se prépare dans les profondeurs du désert saharien, dans l'oasis perdu d'Am shere.
Cinq mille ans avant notre ère, le roi Scorpion (The Rock), fit un pacte avec le dieu Anubis, qui l'aida à vaincre ses ennemis à l'aide du bracelet en échange de son âme. Mais une fois sa partie du pacte accompli, anubis obligea le roi scorpion à le servir pour l'éternité.
Une secte mystérieuse et avide de pouvoir, menée par le conservateur du british muséum et la séduisante Anck-su-namun réincarné, ramène à la vie la seule créature capable de vaincre le roi Scorpion : le grand prêtre Imhotep, condamné depuis trois mille ans à errer comme un mort-vivant pour avoir séduit la maîtresse du Pharaon Séthi Ier et dont la momie a été ramenée secrètement au British Museum. Imhotep convoite le bracelet détenu par les O'Connell, bracelet qui lui permettra de trouver l'oasis secrète où repose le Roi Scorpion et de libérer l'armée d'Anubis. Pour ce faire il kidnappe Alex et commence une formidable odyssé qui les mènent de Karnak à Am shere en passant par Abou simbel et Philae. La famille O'Connell les suivent dans un dirigeable guidé par un ami de Rick. Il veut tuer le roi scorpion ce qui lui permettrait de prendre le pouvoir sur l'armée d'Anubis Ardeth Bay, chef des Medjaï, implore O'Connell d'intervenir pour empêcher cet acte aux conséquences désastreuses.
Mais une fois arrivé à Am shere, où un malheur funeste se produit, on comprend que le vrai amour reste le plus fort.