Frère d'Étienne Becker et de Sophie Becker épouse de
Pierre Vaneck, il est aussi le fils du réalisateur
Jacques Becker. Jean Becker débute sa carrière en tant que stagiaire dans le film de son père,
Touchez pas au grisbi en 1953, film qui contribua à relancer la carrière de
Jean Gabin. Il resta assistant-réalisateur des films de
Jacques Becker pour
Montparnasse 19 (1958) et
Le Trou (1959). Il fut aussi assistant-réalisateur pour
Julien Duvivier et
Henri Verneuil.
Son père meurt juste après avoir fini Le Trou et Jean Becker se lance dans l'aventure de la réalisation avec Un nommé La Rocca avec
Jean-Paul Belmondo (1961), qu'il emploiera dans Échappement libre et
Tendre voyou. Ces films obtiendront des succès commerciaux.
Après avoir réalisé les épisodes de la série télévisée à succès Les Saintes Chéries et
Pas de caviar pour tante Olga, incursion inattendue dans le comique farfelu, il fait une pause de près de vingt ans avant de revenir derrière la caméra pour réaliser L'Été meurtrier avec
Isabelle Adjani et
Alain Souchon (1983).
Le film obtient un énorme succès et se voit nommé au Festival de Cannes pour la palme d'or et aux Césars.
En 1986, il obtient le César du meilleur film publicitaire pour Le Clemenceau.
Depuis le succès public et critique d'Élisa avec
Vanessa Paradis et
Gérard Depardieu, Becker tourne régulièrement avec les mêmes acteurs, entre autres,
Jacques Villeret,
Suzanne Flon et
André Dussollier pour les succès
Les Enfants du marais (avec
Michel Serrault),
Un crime au paradis (avec
Josiane Balasko), inspiré du film
La Poison de
Sacha Guitry, et
Effroyables jardins (avec
Thierry Lhermitte et
Benoît Magimel) d'après le livre éponyme de Michel Quint.
Il a fait tourner
Daniel Auteuil et
Jean-Pierre Darroussin dans
Dialogue avec mon jardinier, sorti en 2007. Puis c'est au tour d'
Albert Dupontel de tenir le rôle principal de son dernier film : Deux jours à tuer, où il partage l'affiche avec Marie-Josée Croze et
Pierre Vaneck.
En septembre 2009, il tourne La Tête en friche, dans sa patrie de Charente-Maritime, avec
Gérard Depardieu et
Gisèle Casadesus.
Il est le Président d'honneur de Un réalisateur dans la ville, en 2010 à Nîmes, festival parrainé par
Carole Bouquet et
Gérard Depardieu.